故事发生在从近未来到两百年后的历史跨度上,地球文明被三体用一种叫做智子的超级科技锁死,基础研究因而停滞不前。但人类仍然需要在此基础上不断前进来抵御即将到来的三体人的进攻,守卫自己的家园和人类文明。在更广大的基础上,三体文明和人类文明都是黑暗森林下的猎手,小心翼翼的保护好自己并且清理别人,为文明的存续而挣扎。
2050年,太平洋深处孤岛的猩红别墅里,一群失忆女孩被圈养,唯有编号12的安晓尚存一丝本能。一次意外,她在储藏室撞见尸骸,唤醒了对自由的渴望,与执念寻找失踪姐姐(编号07)的林溪结成同盟。别墅主人莉娜被医生李鸣精神控制,以“被选中”为诱饵,推行末位淘汰规则。夜间“吸氧”实为记忆唤醒药物,安晓频繁梦见过往。编号5的女孩被带走时,甩出一枚鸢尾发夹,林溪认出是姐姐同款,探寻决心更甚。安晓自伤求医时,发现李鸣处有与自己相似的女孩照片,身世成谜。二人潜入储藏室,揭开“活体供体”真相——女孩们的激素被卖给富豪,林溪姐姐已因激素衰竭被“处理”。理念分歧让二人决裂,林溪独自刺杀莉娜,却得知安晓是莉娜的女儿,也是李鸣培育的“完美供体”。殊死搏斗中,林溪护安晓被麻醉,莉娜奋力护女,安晓恢复记忆后彻底反抗,这群女孩终在守护与救赎中破茧重生。