本片是以神木高中“古典部”为舞台，围绕四个部员折木奉太郎、千反田爱瑠、福部里志、伊原摩耶花展开的校园推理剧。神木高中一年级生折木奉太郎是一个“节能”主义者，他信奉“不必要的事不做，非做不可的事就尽快解决”，过着“灰色”的高中生活。不参加任何社团的他，却因为姐姐的拜托而加入了濒临废部的“古典部”。在古典部他结识了好奇心旺盛的千金小姐千反田爱瑠，国中好友福部里志、伊原摩耶花也相继加入古典部。 原来千反田失踪已久的舅舅就是当年古典部的部长，于是四人开始着手调查四十五年前古典部的神秘事件，而最大的线索就是当年的社刊“冰果”。冰果里隐藏了什么样的秘密，当年的部长为什么要退学…… 本动画改编自日本推理作家米泽穗信的古典部系列小说。
古老帝国拉普达是一座漂浮在空中的巨大的机器岛，传说那里已经无人居住，蕴藏着巨大的财富。因此，无论军方还是海盗，都在找寻着这座传说中的飞行岛。 矿工巴鲁这天偶遇拉普达继承人希达，两人一见如故。因为希达身上有找寻拉普达帝国的重要物件飞行石，军方和海盗两帮人马都在追杀希达。巴鲁带着希达一起逃亡，最终都没有逃出军方的手中，希达被军队掳走了。 为救朋友，只能选择与海盗合作。巴鲁与海盗成功救出了希达，同时，他们也发现了军方的邪恶计划。为了阻止军方邪恶计划的实施，他们和海盗一起踏上了寻找拉普达之旅。
