藤井夏生(八代拓 配音)幼年时失去了母亲,因此对年长的女性充满了憧憬。一次偶然中,夏生在学校的楼顶遇见了英语老师橘阳菜(日笠阳子 配音),阳菜温柔的身影深深的将夏生吸引,令他不自觉的坠入了爱河。然而夏生知道,自己和老师是不可能有结果的,于是,他将郁闷发泄到了联谊活动之中。 在联谊会上,夏生邂逅了名为瑠衣(内田真礼 配音)的女孩,那一天,瑠衣将自己的第一次献给了夏生。之后,夏生的父亲告诉他自己即将再婚,而女方要带她的两个女儿住进夏生的家中。让夏生没有想到的是,这两个姑娘竟然正是阳菜和瑠衣。
第四次非核大战一年后的2027 年,在还留有战争痕迹的新滨市,发生一起疑似收贿的军人遭到枪杀的案件。雨幕中,公安‧荒卷大辅为了找寻军人的电子脑而潜入墓地,却遭到想证明上司清白的草薙素子持枪抵住身后。但是,追查这起案件的并非只有草薙一人,拥有「不眠之眼」的巴特怀疑她就是爆破杀伤事件的犯人,因而紧咬着不放;以及正持续追查枪击案与娼妓命案间共通点的新滨县的刑警‧德古沙。此外,「501 机关」的徕津中佐也正注视着草薙的行动。为了寻找自身的未来与理想,草薙的本能将自此觉醒(ARISE)……。
在参拜母亲坟墓的回程途中,真嗣(绪方惠美 配音)和葛城美里(三石琴乃 配音)遭遇了第七使徒的攻击,关键时刻2号机势如破竹挫败对手,真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波·明日香·兰格蕾(宫村优子 配音)。与沉默寡言的绫波丽(林原惠美 配音)不同,明日香自信张扬,甚至有些自大,在和真嗣相处的日子里,彼此闹出不少的笑话。他们三人分别驾驶着零号机、初号机和2号机,抵抗了第八使徒猛烈的攻击,在这一过程中,淡淡的情愫悄然在这三个青年男女的心中萌生。不久后,第九、十使徒相继降临,真嗣他们面临着生与死的残酷考验……rn本片为福音战士新剧场版四部曲第二部。
常夏の孤島・青藍島(せいらんとう)。この島に生家のある橘淳之介は、両親の死をきっかけに妹・橘麻沙音と共に帰島することになった。しかし青藍島は人口減少に待ったをかけるべく施行されたドスケベ条例によって、島中どこでもドスケベセックスが許可・推奨されており、「性産的行為」を拒否すると犯罪に等しい処罰を受けることになってしまう狂気の島であった。誇り高き童貞にして処女厨であった淳之介はこの条例に疑問を持ち、自身と愛する妹の純潔を守るべく、反交尾勢力・NLNS(No Love No Sex)を立ち上げ、ドスケベ条例の破壊を目指して動き始める――!「俺が…ドスケベ条例をぶっ潰す!」