沧元界妖邪作乱，人族饱受摧残，主角孟川自小立下为母复仇的誓言，以镜湖道院为起点，凭借坚毅无畏的心志与利落果决的刀法身手，惩处奸恶，溃灭妖族，登顶四大道院，名满东宁府，拜上元初山，成就一代神魔。
本片延续《熊熊帮帮团4》温暖、轻松、愉快的故事风格，从弘扬传统文化，到以“生命教育与自然尊重”为核心故事主题，通过讲述生态守护的故事，构建起立体的自然认知体系。在森林小镇的四季更迭中，小熊大、小熊二、小光头强和小山神团子组成的“熊熊帮帮团”是大家的守护者。“熊熊帮帮团”以守护自然生态为使命，展开了一场关于生命教育与自然尊重的探索之旅。从春天的飞絮治理到冬季的树木保护，帮帮团通过充满智慧与温情的自然事件，带领小镇居民领悟生命的奥秘与自然的法则。本季通过“问题-探索-解决-反思”的故事模式，构建起完整的生态教育闭环：从发现飞絮根源到系统性治理，从误解树木“生病”到认知生长规律，每个危机解决后增设的防护栏、科普牌、生态观察站，都将临时救助升华为长效保护机制。最终在漫天窗花与桂花香中，小镇居民完成从“自然索取者”到“生态守护者”的蜕变，奏响一曲人与自然和谐共生的生命赞歌。
漠北当下表面平静，实则暗中涌动。王后述里朵正筹划一场大会，不良帅为探查漠北动向带着一众不良人出现在漠北，以降臣为首的四大尸祖在此期间也来到漠北开了家古董羹店，而神秘的杀人凶手更弄得人心惶惶，几方势力各怀心思....
被杀了。果然又被杀了。追月朔也是一位半吊子的高中生侦探，有一个被称为“传说中的名侦探”的父亲。今天本应也该接受委托，然后兴致勃勃地去做一些找猫、或是调查外遇之类的平凡的工作，不知为何他却被杀人事件卷入。而且“被害者”居然是自己！？多亏特殊体质每次都能重生的朔也，用膝枕迎接他的则是优秀的助手莉莉提亚。「您又被杀了呢，侦探大人。」「......似乎是呢。」作为侦探，以及作为受害者，朔也如字面意思，搏命解决了无数的疑难案件。
牙鬼との激闘から2年、それぞれの夢に向かって旅立った6人は好天の三回忌をきっかけに再び忍術道場に集まった。そこへ突如現れた牙鬼の残党を相手にお互い成長した姿を見せ合うように妖怪を倒していく天晴達。中でもガシャドクロを生身で倒してしまう風花と霞の成長に驚く一同。なんとこの2年、2人は強さと人気を兼ね備えたアイドル忍者“ニンニンガールズ"として平和を守っていたのだった! 戦いを終え久々の再会を喜ぶ6人の前に「久しぶりね天晴」とまさかの人物、天晴と風花の母・桜子が現れた。しかも風花と霞を誘い“ニンニンガールズ"をプロデュースしているというのだ。さらに世界進出を考える桜子から“伊賀崎流"の名前をかけて“ニンニンガールズ"と真剣勝負を提案される天晴、八雲、凪、キンジの4人は“ニンニンボーイズ"として受けて立つこととなった。この試合もアピールの場として使おうとする桜子は、新メンバー・九重ルナの加入をサプライズ発表。さらにミドニンジャーシュリケンを勝手に与える暴走っぷり。そして数合わせとして旋風も加わり4対4の真剣勝負が始まった。 時を同じくして、執念の復活を遂げた有明の方が萬月の復活と、真剣勝負を利用したニンニンジャーの分裂を企て暗躍を開始する――。 果たしてニンニンジャーは再び世界の平和を守ることが出来るのか! ?
