神秘少年大风解救了遭遇暗算重病的李画眉，大风欲赴京都寻师姐巧与李画眉同路，途中李画眉却惊觉其师姐便是女皇秦昭，且女皇屡派杀手追杀。为查明缘由，大风和李画眉性命互托，共同御敌。江湖纷争四起，朝堂争斗更胜。二人不知不觉被卷入一场云谲波诡的阴谋当中，大风就是解开所有谜团的钥匙……
故事发生在宁静的山村小镇中，个性有些害羞的少年桐岛青大（细谷佳正 配音）就居住和生活在这里。小镇的生活平和美好，但对于青大来说，依然有一个小小的烦恼萦绕在他的心头。那个名叫神咲七海（早见沙织 配音）的少女，她的身影总是不经意的出现在青大的视线中，而青大也不自觉的追随着七海的脚步。枝叶柚希（中岛爱 配音）的出现打乱了青大的生活节奏，这个性格直率活泼的女生居然自说自话的寄宿在了青大的家中，青大和柚希的同居生活就这样开始了。 除了柚希和七海外，还有一个女生的存在让青大感到格外在意。作为青大的青梅竹马，加贺月（高野菜菜 配音）的开朗性格显得格外富有魅力，徘徊在三个女孩子们中间，青大究竟该如何选择呢？
从古至今，人们惧怕黑暗。因为在人们心中，潜藏著名为“阴我”的负面意念，导致魔兽“骇魔”（Horror）得以利用入侵附身。而人类当中有一群人，手持钢铁利剑，一子单传，秘密守护人类不受“骇魔”侵略，他们被称之为“魔戒骑士”，生于黑暗，也隐于黑暗，世代与“骇魔”进行无止境的战争… 立志成为画家的御月薰，即将举行她首次的个展。但她却也梦见了童年时父亲所画的“黄金骑士”绘本，让她非常在意。虽然与心理咨询师龙崎驱音谈过之后，薰总算能安心迎接个展，但画廊老板却突然化为了异形怪物向她袭击。这时，在薰眼前出现了一名身穿白色大衣的神秘青年，并变身打倒了怪物。而他变身后的模样，正巧与绘本中所画的“黄金骑士”如出一辙……
一天，工藤大器偶然听到了神秘声音的呼唤，与朋友们一起来到了数码世界，在那里认识了众多的数码兽同伴并且成为指挥官建立“Xros Heart”团队。意想不到的是，在数码世界中除了他们外竟然还有别的人类在数码世界中活跃着……然而，为了防止邪恶的巴古拉军企图称霸数码世界，他们将要努力地收集水晶（Code Crown）来保护各个领域（Zone），担负起拯救数码世界的命运。 被巴古拉兽击回到人类世界的工藤大器和高吼兽，经过东京大决战留在人类世界一天后，相对地数码世界已经过了好几个月的时间，并落入了巴古拉军支配下的地狱世界，分裂为七个国家（Land），由七名巴古拉军手下的死亡指挥官所统治，而这七名死亡指挥官就是本篇章的主要敌人。为了让数码世界再次得到和平，工藤大器和高吼兽决定再次回到危机四伏的数码世界中。此外，本篇章亦出现全新力量“超进化”。 与巴古拉兽的最终决战已经过去了一年，天野音音的弟弟-天野悠入读大器所读的中学，并与大器组成“Xros Heart”的篮球队，过着悠闲的生活，而队伍中还有一名尊敬著大器学长的成员-明石激。一天，明石激被卷入了“数码晶界”所发生的异变之中。
