林动为了从百朝大战中脱颖而出，带着同伴小貂、小炎深入危机四伏的远古密藏寻找机缘。经历重重艰险后，他击败了宿敌林琅天，在四宗殿的青龙殿获得殿主的武学传承，还获得生死转轮丹，帮助小貂重塑了身体。此后，林动又通过挑战超级王朝参赛者以提升自己积分排名的方式，成功获得了百朝大战冠军之战的参赛资格，并在万众瞩目中再次将林琅天彻底打败。然而，心存不甘的林琅天却与潜伏在百朝大战战场上的西玄域奸细勾结，启动封天阵图要夺走百朝大战所在的远古战场，并将林动等人置于死地。最终，林动带领众多参赛者，齐心协力破解西玄域阴谋，捍卫东玄域利益。林动因此成为百朝大战冠军，并加入超级宗门中的道宗。
故事发生在二十一世纪初始，日本依旧笼罩在德川幕府的统治之下，柳生宗朗（平川大辅 配音）家中世代经营道场，宗朗本人则肩负着成为下任当家的沉重责任。尽管身为德川家康的臣子，但宗朗对幕府的独裁以及武应学园塾对于反抗学生的暴力镇压感到十分不满。他的不满招致了飞来横祸，不仅道场面临关门大吉的命运，宗朗更是遭到了学生会派出的精锐部队的追杀。 就在命悬一线之时，一位名为柳生十兵卫（悠木碧 配音）的红发少女突然从天而降击退了敌方，之后，柳生义仙（水原薰 配音）、真田幸村（钉宫理惠 配音）、后藤又兵卫（小林优 配音）等一干武江少女接二连三的出现在了宗朗的身边。
