“信号塔大战”后，熊大、熊二和光头强的缩小器再度遗失。三人组合继续留守不夜城，找寻缩小器的回家之路更是状况频出，但他们从未放弃希望，最终与小动物们合力拯救小镇，呈现了一场精彩惊险的微观世界冒险之旅。
当世界仍在从上一季的全球灾难中恢复之际，已发生变化的马克因内疚而痛苦不堪。他在全力保护家园和挚爱之人时，与一股强大的新威胁正面交锋，这股威胁足以永远改变人类的命运。
有尾一族想要占领地球，企图统治人类，梦野博士为了阻止其野心，创造出科学战队来拯救人类。
