沧元界妖邪作乱，人族饱受摧残，主角孟川自小立下为母复仇的誓言，以镜湖道院为起点，凭借坚毅无畏的心志与利落果决的刀法身手，惩处奸恶，溃灭妖族，登顶四大道院，名满东宁府，拜上元初山，成就一代神魔。
经过艰苦的激战，汽车人夺回饱经战火的母星赛博坦。擎天柱表彰了大黄蜂等部下的功勋，随即和千斤顶踏上了前往宇宙深处寻找火种源的漫长之旅。另一方面，宇宙大帝唤醒沉睡在海底的威震天（Frank Welker 配音），对他的力量进行升级，以期消灭普神，创造混沌纪元。拥有光速的威震天，气势汹汹向赛博坦逼近。与此同时，大黄蜂等人一面进行赛博坦的复建工作，一面防备红蜘蛛和震荡波等人的侵袭。谁知此时，两只巨狰狞的出现让一切陷入混乱。似乎感受到霸天虎的衰落，拥有原始兽性的巨狰狞冲云霄蠢蠢欲动，为祸四方。 赛博坦黎明的前夕，和平远远未曾到来，最可怕的远古军团即将复活……
故事发生在一个人类文明科技极度发达的未来社会，机械帝国凭借着拥有大量优秀科学家和研造出的高智能机器人称霸宇宙，巨大的机器王国就此建立。帝国之中，凤（一条和矢 配音）、华莲（绪方惠美 配音）、北斗（佐久田修 配音）和龙（藤原启治 配音）是辅佐机械皇帝的四灵将，其中，华莲于无意之中发现了皇帝可怕而又强大的野心，决定不再助纣为虐，于是带着属于她的高能机器人逃往神居岛。 在神居岛，莲花邂逅了名为高宫铁兵（桧山修之 配音）的放牧少年，之后成为了他的师父。钢太郎是铁兵的哥哥，皇帝觊觎钢太郎高超的智商将他绑架。为了救出哥哥，正直勇敢的铁兵潜入了机械王国。
