精英士兵费罗兹和拉凯什将踏上环球之旅，  追回被野心勃勃的复仇科学家卡比尔窃取的武器。对方企图利用人工智能摧毁印度

在大公司纽斯特德的支持下，生物科学家克里夫·尼科利（阿德里安·布洛迪 Adrien Brody 饰）和女友艾尔莎·卡斯特（萨拉·波莉 Sarah Polley 饰）进行基因重组的实验，并取得初步进展。然而由于资金和公众舆论等原因，纽斯特德高层决定中断对他们现有研究的支持。克里夫和艾尔莎不愿半途而废，于是偷偷展开实验。他们对基因进行优化重组，并混入了艾尔沙的一部分基因，终于孕育出一个相貌奇特的雌性怪物。                                                                      　　秉着科学家的道德和良知，克里夫执意要杀死怪物，而艾尔莎则全力保护，视若己出，并将其命名为卓伦。卓伦以飞快的速度成长，最终变成一位拥有独特美感的女孩（Delphine Chanéac 饰）。在这一过程中，克里夫和艾尔莎越陷越深……

“毕德曼慧星”正朝着地球飞奔而来，给人类致命一击。当局紧急行动，研究出一个最佳方案——由宇航员坦纳（罗伯特·杜瓦尔 Robert Duvall饰）驾驶“弥赛号”飞船飞往慧星，把预先准备好的核弹放置到慧星上面引爆，以令它化成碎片或是改变轨道。坦纳英勇地完成了任务，却发现并没有取得预期效果。慧星碎成了一大一小两部分，向地球步步逼近。                                                                      　　当局迅速采取最后的行动，用“诺亚方舟”计划保住包括人类在内的一些地球物种。这是一个秘密的地下庇护所，只有少数的人可以在这里避开大劫难，等灾难散尽后方重建世界。较小的那部分慧星已经撞向地球，引发山崩地裂，一片世界末日的景象。而跟随其后的大慧星给地球带来的毁灭程度，将远远超乎人们想象，力挽狂澜的人类进入了倒数时刻。

纽约市下水道，四只小海龟和一只小老鼠由于接触了含有放射性物质的凝胶而变异为巨大的人化生物。暴躁冲动却富有激情的拉斐尔（乔什·帕斯 Josh Pais饰），幽默风趣的的米开朗基罗（迈克林·西提 Michelan Sisti饰），个性沉稳的多纳泰罗（雷夫·提勒顿 Leif Tilden饰）以及他们的领导者达芬奇（大卫·福尔曼 David Forman饰），这四只功夫高强的忍者龟便肩负起为纽约市除暴安良的神圣使命。他们神勇无比、所向匹敌，在多次行侠仗义后，与城市里的一个神秘组织结怨。神秘组织展开一次突袭，由于寡不敌众，忍者神龟受了重伤，同时，他们的老师也被这个神秘组织抓去。

两名训练有素的特工被派往神秘峡谷的对立两侧执行保护任务，并因此变得亲密。当邪恶势力出现时，他们必须携手合作，以求在峡谷中的未知险境中生存下来。