扣人心弦的《血色星期二》第二部再次席卷而来。天才黑客高木藤丸（三浦春马 饰）这次又会遇到什么棘手的问题呢？                                                                      　　第一部的最后，藤丸和其朋友力挽狂澜地阻止了病毒危机。而这次他们面临的则是更加令人恐怖的核弹恐怖计划。在病毒危机结束后两年，受其影响的藤丸决定再也不碰电脑，可是他还是不能组织自己和朋友九条音弥（佐藤健 饰）、高木遥（川岛海荷 饰）被卷入到新的计划当中。载有核弹的飞机正在一点点向东京逼近，而东京的群众却毫不知情，为了避免东京遭受到核弹的重创，藤丸和音弥不得不继续开始奋战。而他们所面对的除了老对手折原玛雅（吉濑美智子 饰）和神崎润（成宫宽贵 饰）外，还有许多新人。而结果究竟如何呢？

日本警视厅特殊部队（SIT）小队长濑文焚流（加濑亮 饰），在一次执行任务时遭遇队友的离奇死亡，面对高层他百口莫辩，最终被调职到公安部公安第五课——不明事件调查科。该部门专门调查一些匪夷所思的超自然案件，当然在所谓“科学昌明”的现代化社会，这也意味着第五课是一个很难得到认可的边缘部门。除濑文外，第五课只有油滑的上司野野村光太郎和智商高达201的怪女孩当麻纱绫（户田惠梨香 饰）。在此期间，预言师、神之手等各种各样拥有超能力（SPEC）的人物接连登场。                                                                      　　濑文在和当麻办案的过程中，渐渐趋近了一个鲜为人知且充满阴谋和秘密的未知世界……