英、Cherry、Joe为三名孤女，自小由爷爷收养，练就一身好本领。英、Cherry均为CID，英与勇敢果断的德仔正准备结婚；而Cherry则暗恋面精心懵的亚邓。本来众人正过着快乐的日子。在一次追捕积犯狂牛的行动中，德仔英勇殉职，一切顿变得愁云惨淡。年少气盛的Joe因误会而与英发生冲突，一怒之下独个往外流荡。Joe巧遇一无耻之徒Jimmy，因看不过其恶行下，Joe以木棉花身份出现，教训了Jimmy一顿，木棉花的侠名，就此传了开去，这样令到Joe更是雄心壮志，决以木棉花身份行侠仗义！在一次行动中，Joe竟发现德仔未死，原来德仔诈死混入狂牛集团，以图破案，在两人正进行交易时，Joe以木棉花身份破坏，并错手把狂牛亲生弟弟杀了，凶残成性的狂牛遂展开一连串报复行动，令到爷爷身受重创，德仔真正中枪死去。在义愤填胸下，Joe、Cherry 、英三人遂均以木棉花与狂牛决一死战……

《极斗4之暴杀令》故事讲述香港的家庭暴力和女性被侵犯事件，各人对事发的反应，当中有人选择以暴易暴，替天行道，其实为社会和法律不容，因为香港无蝙蝠侠，不可以执行私刑，其实电影带出社会问题令人反思。                                                                      　　《极斗3之雅博渡口》是「与神格斗」后，这次《极斗4之暴杀令》是「与仇恨格斗」，电影主题与性侵犯有关，并表明调子相当灰暗。“极斗4之暴杀令”有点像80年代经典电影【山狗】，山姆哥借电影致敬。

社会动荡不安的唐朝未年，每18年举行一次的武林赏善罚恶大会上，武林十大前辈选出移花宫主为担任赶杀十大恶人重任的武侠义士，不料却遭到突至的宫主夫君燕南天的阻止。宫主以一招之差落败燕南天后夫妻反目，立誓18年后将授一门人杀尽十恶。                                                                      　　为感谢燕南天的救命之恩，十大恶人担起扶养其儿子小鱼儿（刘德华）的重任，并欲把他培养成天下最恶之人。宫主则收养了花无缺（林青霞），边授其武功边灌输男人都该杀的思想。18年过去，十大恶人与宫主分别命小鱼儿与花无缺在新一届赏善罚恶大会上争夺盟主，两人的生活轨迹开始交叉。

二十世纪四十年代，丢失于清朝光绪年间的十二生肖像中的其中三面在民间出现。广州不法古董商莫云天就私藏其中的蛇面像，只要找到猴面像和虎面像后，就可以高价卖给英国商人而获取暴利。                                                                      　　为了不让三件国宝流出国外，文物局侦察员马成和爱国义士金祥一直暗中跟踪私藏猴面像的通缉犯韩奎。韩奎的猴面像在广州车站被莫云天抢走后不久，莫云天就通过盗掘古墓找到了虎面像。正在莫云天喜庆之时，刚到手的虎面像却被韩奎暗中劫...