X档案关闭后，穆德（David Duchovny 大卫•杜楚尼 饰）和斯科莉（Gillian Anderson 吉莲•安德森 饰）被分开。穆德受命执行监听工作，斯科莉则回到学院读书。                                                                      　　某日国会议员麦特森（Raymond J. Barry 饰）向穆德透露一条消息，称在波多黎各接收到外星人的电讯。为了在特种部队之前找到外星人的证据，穆德只身前往。得知消息的斯科莉赶到穆德住处，从电脑中的旅客名单中找到线索，尾随来到波多黎各。                                                                      　　在波多黎各阿雷希伯，穆德偶遇一个当地人，并从他手里得到一幅外星人的画。但不久后此人便离奇死去。穆德最终能否找到外星人来访的证据？

穆德（David Duchovny 大卫•杜楚尼 饰）被外星反叛者劫持，而斯科莉（Gillian Anderson 吉莲•安德森 饰）亦同时发现自己怀有身孕。穆德的办公室被搜查，斯科莉请求Skinner（Mitch Pileggi 饰）帮助寻找搭档，孤枪侠也参与进来。FBI高层则派出探员约翰•多格特（Robert Patrick 罗伯特•帕特立克 饰）协助调查，但两个人的初次会面不欢而散。                                                                      　　调查局发现穆德的单位密码和信用卡在失踪后的几天都有使用纪录，甚至发现了刻有穆德生卒年月的墓碑。多格特认为穆德假装失踪，以便盗取资料独自调查。案情愈加扑朔迷离……

继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。

美国FBI探员福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）童年时曾经历一起离奇神秘的绑架案，他的妹妹萨曼莎在睡梦中被外星人劫持，至今下落不明。从此穆德便专注于神秘事件的研究，并专门负责FBI总部的X档案部门。因穆德行事乖张，难以驾驭。FBI高层从联邦调查局学院调来女性探员黛娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰），表面上是协助穆德工作，实际上是希望这名崇尚科学的理性探员能够制约穆德的行为。两人最初的合作并不理想，完全不同的思维模式时刻导致争论的爆发。但随着各种离奇案件的出现以及两人交往的加深，穆德和斯科莉最终变成可以为对方出生入死的可靠伙伴……                                                                      　　本片荣获1996~1999年度美国作曲家、作家及出版商协会影视音乐奖电视剧集第一名以及其他电影节近70个奖项。

Mulder在医院被Fowley监管着。他想办法请来了Skinner和Kritschgau来帮忙，他们了解到Mulder拥有了CIA一直在研究的读心术。Scully在象牙海岸寻找治愈Mulder的办法。Mulder的病情加重了。

Doggett不顾众人的阻拦坚持调查，他开始着手调查一个环保署职员死亡的案件。

讲述一架在布鲁塞尔的航班起飞后，此时太阳活动突变令到被照射到的生物通通死亡，因此有幸逃过一劫的飞机试图向西面飞去以躲在黑暗中。航班上包括富豪﹑穷人﹑年轻人﹑老人﹑平民﹑军人等，他们只有一个目标：在这太阳浩劫下幸存……问题有些人为此可是会不择手段。

太阳突然开始杀死它照耀的一切，从布鲁塞尔起飞的一个夜间航班上的乘客竭力求生。

在第一季成功揭露 DNA 的非法实验后，医学生米亚试图尽快厘清生活中的各种骤变， 因为她意识到自己失去了过去 3 个月的短期记忆。 在试图了解发生了什么的过程中，失忆加上浮现在脑海的可怕画面，让她惴惴不安。她发现自己处于一个更大的阴谋中，这将把她推向边缘。

由于被监视者告知了自己会在危机当中消失，闪电侠巴里·艾伦(格兰特·古斯汀 饰)已经做好了牺牲的准备，便开始着手与自己的家人和同伴们进行告别，并发誓在此之前要拯救尽可能多的性命。但身患黄体噬血细胞综合征的拉齐姆·罗素(森德希·拉玛莫西 饰)在意识到星辰实验室的血清已经无法治愈病入膏肓的自己时，选择了其他方式来让自己继续存活下去，甚至为此不惜夺取他人的生命，使他开始走火入魔。                                                                      　　与此同时，巴里开始逐渐意识到自己的妻子艾瑞丝(坎迪斯·帕顿 饰)变得越来越不像她了.......

在本季中，闪电侠巴里·艾伦(格兰特·古斯汀 Grant Gustin 饰)必须设法找到能恢复神速力的方法，以便于解决二代镜像大师伊娃·麦克洛奇(伊芙雷特·多 Efrat Dor 饰)所造成的威胁。                                                                      　　而与此同时，巴里也会时不时看到自己此前消失的女儿诺拉(杰西卡·帕克·肯尼迪 Jessica Parker Kennedy 饰)的身影，让他开始担忧神速(卡兰·奥伯莱 Karan Oberoi 饰)是否有威胁到未来时间线的稳定。

在一劳永逸地击败了逆闪后，闪电侠巴里·艾伦(格兰特·古斯汀 Grant Gustin 饰)和艾瑞斯(坎迪斯·帕顿 Candice Patton 饰)的关系也比以往任何时候都要更加亲密。但是，当一群致命的无赖帮成员在一位名为“红死魔”的全新威胁的带领下袭击中心城时，巴里和他的闪电小队必须再次克服万难以便拯救中心城。                                                                      　　而由于此前消灭了逆闪导致负神速力失去了自己的代理人，一个未知的新对手也即将崛起，他的出现也将会是巴里和他的闪电小队迄今所面临的最艰苦的战斗，他们又能否再次拯救中心城呢？

ABC已续订《神盾局特工》第四季。

ABC续订《神盾局特工》第五季。

ABC官宣正式续订《神盾局特工》第六季！不过往季都有22集而本季却只有13集，且在夏季播出，即在《复仇者联盟4》上映后。

复仇者联盟以及随后影响深远的纽约之战，让外星人和超能力者不再是坊间传说的秘密。纽约之战过后，世界格局即将重新洗牌，野心家们则蠢蠢欲动，神盾局面临前所未有的挑战。在此危急关头，一度传闻死于纽约的特工菲尔·科尔森探员（克拉克·格雷格 Clark Gregg 饰）“复活”，吸纳了身怀绝技的格兰特•沃德（布雷特·道顿 Brett Dalton 饰）、梅琳达·梅（温明娜 Ming-Na Wen 饰）、莱奥·菲兹（伊恩·德·卡兹泰克 Iain De Caestecker 饰）、盖玛·西蒙斯（伊丽莎白·亨斯屈奇 Elizabeth Henstridge 饰）以及来自黑客构成的民间团体涨潮组织的斯凯（科洛·本内特 Chloe Bennet 饰）加入进来。                                                                      　　他们以一己凡人之力，投入到各种匪夷所思且疑云重重的危险事件的调查中去……

神盾局沦陷后，寇森在尼克·弗瑞的允许下开始重建组织、收拾残局，而除了招募新人，最重要的事情就是必须创建起与政府机构的信任桥梁。同时，寇森领队，在世界各地全力搜查九头蛇余党的踪迹，而昔日的伙伴如今沦为背叛者的沃德则成为了他们唯一的线索。寇森感觉自己当初复活期间所产生的副作用时不时会涌上心头，也发觉自己的自控能力越来越差，死命刻墙图、甚至为了查明真相而派队员去送死，屡次让神盾局陷入更大的危机。更吃惊的是，斯凯失散多年的父亲突然回归，并在身后也有一个从古到今毫无任何人见过的异人组成的联盟。斯凯因此再度为自己的身世产生疑问，也陷入选择家人还是伙伴的左右为难的局面

在得知超人要求与康纳(约书亚·奥尔平 Joshua Orpin 饰)会面后，泰坦们决定前往大都会以获得星辰实验室的独家访问权。但当一些意外的复杂情况出现时，包括莱克斯·卢瑟的重新出现，无论是泰坦小队还是康纳，都将会面临着艰难的决定。                                                                      　　而在另一边，一位试图销售自己原创的游戏的塞巴斯蒂安·布拉德(约瑟夫·摩根 Joseph Morgan 饰)却在生活上陆续遭遇打击，仿佛自己好似处于一个诡异阴谋的中心。

该剧讲述了一个发生在200年后，一名年轻女性失踪之后发生的惊悚故事。乔·米勒被描述成一个厌世的角色，他在火星和木星之间的小行星带出生，长大后加入在小行星带维持秩序的安全公司，成了一名侦探。他主要在谷神星太空站工作，有时也会去其他地方执行任务。他总是很憔悴，追寻着连自己都叫不出名字的东西，觉得身边的一切事物都了无生趣。他是一个直觉敏锐的警察，只对工作很投入。如今，上级命令他调查一名女继承人的失踪案，这个案件的复杂程度让他感到自己的人生又有了新的意义。

在上一季结尾，原分子病毒已经接管了爱神星并威胁到整个太阳系的安全。此刻，一个更大的控制原分子病毒的阴谋被进一步揭开。与此同时，联合国副秘书长Avasarala和火星军人Bobbie Draper正试图说出真相，阻止一场地球和火星之间的战争。而第谷空间站首领Johnson欲借此机会与地球和火星平起平坐。但是...神秘的生物已经脱离了控制...

本季将揭开全新篇章，“如今是改变和挑战、希望和恐惧、知识和无知并存的时代。”罗西南特的船员们接到任务：探索星环之门外的新世界。