蓝、法二人受到大长老指点，前往神秘的“生命绿海”快速提升等级。为了给父母报仇两人整理心情出发了。在这段艰辛的海上旅途中，他们看到了从未见过的神澜奇观，并感受到人族命运的不易。当他们终于来到生命绿海时，却遇到了这里的统治者——“绿海族”。蓝法二人在这里遇到了新的麻烦，但他们用正直感动了绿海族长老。长老请求蓝法二人帮助绿海族化解来自地下的危机，两人接下猎杀吞蚁的任务深入地下世界。猎杀过程中，两人碰巧混入了吞蚁族之主“红宝女皇”冲击十二阶的神级仪式。这时“无双珠”突然显现，吸收了“红宝女皇”晋升所需的心脏，“红宝女皇”便开始追杀蓝法二人，意图寻回这颗强大的心脏。蓝法二人面对这样的神级强者，只能一路逃跑，从地下世界逃回碧天岛。在追杀之路中两人奋力反抗，但还是险些被红宝女皇抓住，幸好遇到了掌管蓝海的“海巨帝”帮忙解围。两人决定前往更多高手云集可以自保的地域——...
一天毛利小五郎收到一张请帖，里面是谜样男子的委托，需要前往横滨的一个游乐场。小五郎和柯南一行人快乐地到达欢乐的游乐场，还带上了可以出入无阻代表VIP的手表，不料正中那名神秘男子的圈套。所有带上手表的人不得离开游乐场，否则便会发生爆炸。从现在开始到晚上十点，柯南和小五郎如果不能解开谜题，兰和少年侦探团也会随着游乐园粉身碎骨。然而更意想不到的是，那名男子居然直接称呼柯南为工藤新一。
动画剧情舞台为2047年，与人类之敌「D2」对抗而荒废的美国。指挥家「朝雏タクト」与「Musicart」的少女「命运」，在失去音乐的世界中各自为了自身的渴望，共同出发前往纽约。
