赤冢正义（Justice）通称正义，他的掌心有一个刺青。那不是普通的刺青，而是能够扭曲时空、创造出“无”、并带给周遭毁灭性伤害的特殊兵器——“咒纹”。正义决定协助特工少女·伊姬完成她的任务——回收咒纹，但是事情会那么顺利吗——！？

滑头鬼，是统领着百鬼夜行的妖怪总大将。十三岁的奴良陆生（福山润 配音）看似是一名普通中学生，喜欢着同班同学家长加奈（平野绫 配音）。但其实他有四分之一的妖怪血统，是大妖怪“滑头鬼”的孙子。他被 “奴良组”众妖怪尊称为少主，身边有个叫及川冰丽（崛江由衣 配音）的亲信。但他一心只想当一个普通人类，不肯承认自己是妖怪的事实，更不愿继承奴良组三代目之位。                                                                      　　四年前一次意外，使他觉醒了妖怪之血，暂时恢复了妖怪的相貌，但是到了白天，他又变回了人类的模样并且还会忘记自己是妖怪这件事。自此以来，奴良陆生仍过着平静的人类生活。但其实自觉醒之日起，他便已经立下志愿要继承奴良组三代目，站在众鬼之巅，成为魑魅魍魉之主。

某天，一个都市消灭了——                                                                      　　独行侠运输员拓也，与唯一从消灭中生还的少女小雪。两人靠着本以为音信全无的小雪父亲传来的信息，而开始前往消灭都市。但，两人面前出现了意想不到的阻碍。那是对于小雪而言，过于冲击的现实——对幸存者的思念，暗中活跃的神秘组织，以及被隐藏起来的阴谋。拓也与小雪，原本素昧平生的两人，随着旅行逐渐加深关系，并逐渐逼近消灭都市的谜团。

故事发生在巡之丘学园中，丈枪由纪（水濑祈 配音）天真可爱，是名副其实的开心果。惠飞须泽胡桃（小泽亚李 配音）踏实可靠，她的坚强和元气影响了身边的每一个人。若狭悠里（市道真央 配音）温柔坚强，是大家心目中稳重的靠山。直树美纪（高桥李依 配音）外表冷漠，但内心的热情不容忽视。这些可爱的孩子们共同组成了“学园生活部”，每天都在进行愉快的部活。                                                                      　　空无一人的校园，破败不堪的教室，四处游走的行尸，究竟哪一个是幻想，哪一个是真实？巨大的灾难面前，少女们将恐惧化作力量，尽各自的所能，目的只有一个，那就是活得更久，更快乐。