地球开始源源不断地出现祸威兽，祸威兽每次出现都会造成巨大的破坏。人类为了守护自己的家园，成立了祸特队。祸特队负责专门处理祸威兽的事情。在人类的共同努力下，陆陆续续出现的祸威兽都被人类给驱逐或者消灭了。随着时间的推移，祸威兽变得越来越难对付，人类政府的开销也变得越来越多。在某次人类与祸威兽的战斗中，一位神秘巨人的出现，引起了所有人的关注，甚至连外星人都参与进来了。

大都市梅陀宝丽斯，被称之为本时代进步象征的超级摩天大厦正在举行落成典礼。手握本市实权的RED先生（石田太郎 配音）台上演讲正酣，台下一名黑衣青年男子ROCK（冈田浩晖 配音）却在警备重重下公然拔枪杀人，群众一阵哗然骚乱。目睹此事的日本侦探伴俊作，携外甥剑一（小林桂 配音），开始进行全市的追凶调查。但是ROCK被判明只是射杀了机器人，凶手若无其事的离去了。梅陀宝丽斯由先进的地上部分和颓败的地下部分构成二重结构的都市体系，在这个城市生存的人类中间，有从高度发达的机器人世界中受益，享受文明技术优越性的人，也有反之被机器人夺走工作无以糊口的人，还有要求让机器人同样享有人权自由的群众团体。随着调查的深入，实施的真相渐渐浮出水面，机器人和人类最终是一起平等生存，还是一起毁灭……本片改编自手冢治虫出版于1949年的同名漫画。