平凡的高中生须藤要，收到了一封从未听说过的App「达尔文游戏」发来的邮件。将App启动的要，被卷入了一场玩家之间驱使异能战斗的游戏。在不明就里的情形之下，面对袭来的强力玩家，要能否在与他们的对战中制胜，并活到最后呢！？

所谓 PET 称的是有着改变他人记忆的超能力少年，他们被黑社会管理操控来替黑社会达成不可告人的目的，而这群「PET」的领袖为了拯救自己的同伴居然从黑社会手里逃走了。 人类的记忆很多但是高兴的记忆堆在山上，不愉快的记忆则是放在谷底，而正是在这山谷起伏之间一个人才能够得以存在。 能够修改他人记忆的「PET」们自身凭借自己的记忆建立起的超越家人的信赖关系，很多时候记忆是会骗人的甚至是自欺欺人，我们自己也会不经意间修正不喜欢的记忆，至少让自己觉得这些记忆好看一些。

在偏僻的小村庄——雏见泽村过着愉快生活的少年前原圭一，得知了在这和平村庄中发生的分尸杀人案件。而此事件，又与被称为「御社神的作祟」的一连串离奇死亡案件有所关联。

两位生活在正在进行迁都计划的巴鲁海特帝国的青年——努力从事运输工作有点胆小的伊努玛尔，帝国的新手士兵不懂人情世故的雷欧卡迪欧。一人想着重要的妹妹，一人想着作为士兵的前途，就这样在帝都生活着的日常。与此同时，过去将世界大多数生物消灭、给世界带来凶暴魔物的灾祸“光”将再度降临的预言出现在帝国中，帝国上下人心惶惶。在此之中，以某次密输事件为契机，伊努玛尔与雷欧卡迪欧的命运，以及帝国的历史都将发生激变。

深夜，挥舞巨大钢筋袭击人类的亡灵“钢人七濑”。是单纯的都市传说，还是真正的亡灵？给予妖魔鬼怪们智慧的巫女——岩永琴子，与之正面抗衡。为了消灭由人类想象力创造的恐怖妖怪，为了对抗虚构，琴子设下了由虚构组成的重重机关。

故事发生在人类与魔法师势不两立的两个世界中。                                                                      　　人类居住在名为「洞穴」的城市中，而崇拜恶魔的魔法师则居住在「魔法师的世界」中。魔法师称人类为「废物」，人类则称魔法师为「怪物」，彼此仇视。魔法师利用自己的魔法制造出连通两个世界的「门」，以「洞穴」的人类作为练习魔法的实验品，而饱受其害的洞穴居民亦大肆反抗着魔法师。主人公开曼就是「洞穴」的魔法被害者之一，开曼因为魔法的缘故头部变成了蜥蜴，同时失去了一切记忆。然而开曼的身体却因此拥有魔法无效的免疫力。为了追寻记忆并恢复原来的长相，开曼与好友二阶堂开始了狩猎魔法师的行动。而「魔法师的世界」的杀手也出现在「洞穴」中，厮杀一触即发……