风和日丽的一天，铃木财团巨资营建的铃木塔举行了盛大的开幕典礼。柯南（高山南 配音）和好朋友们自然受邀参观。谁知一名游客突然被远处建筑发射来的子弹狙击身亡，柯南锁定凶手果断展开追击，然而对方胆大非常，公然炸毁拦截他的警车，在重重包围中脱身而去。在此之后，FBI和日本警方组成联合调查总部，经朱蒂•斯泰琳（一城美由希 配音）介绍得知，嫌疑人很可能是原美国海豹突击队狙击手蒂莫西·亨特。战功显赫的亨特曾经获得过银星勋章，但是后来被战友指控违反交战原则，射杀了手无寸铁的平民，此后他更在战场上遭遇影响毕生的创痛，人生也彻底跌入低谷。此番他以神秘狙击手的出现，显然是想想那些毁灭了他的人生的人们复仇。                                                                      　　狙击事件接连而起，全东京陷入莫大的恐慌之中……

监视官常守朱在得知西比尔系统的真相后，选择遵从系统，并依然信守人性与法律秩序。她率领新生的刑事课一系，每天与犯罪者对抗着。                                                                      　　然而，足以动摇系统的怪物正在他们面前悄悄潜伏着，而他们却对此一无所知——

历经了千年的繁华，巍峨帝都早已从内部腐烂，拥有邪魔灵魂的统治者，正引领文明走向毁灭。为了解除村庄的困境，拥有绝赞剑术的少年塔兹米（齐藤壮马 配音）独闯帝都。此时帝都至高无上的皇帝还只是不谙世事的孩子，国家的实际操纵者大臣只手遮天，是帝都腐朽的根源。历经一波三折，塔兹米被曾经骗过自己的雷欧奈（浅川悠 配音）强行拉入一个神秘组织Night Raid。Night Raid是一支令帝都所有权贵富贾闻风丧胆的暗杀集团，他们是革命军下辖的秘密特殊部队，其最终目标是颠覆大臣的统治。在娜杰塔（水野理纱 配音）的领导下，赤瞳（雨宫天 配音）、雷欧奈等绝世高手云集其下。塔兹米的命运由此发生转折，而接二连三更大的纷争则将其引向未知的彼方……                                                                      　　本片根据タカヒロ（原作）、田代哲也（原画）的漫画改编。