故事发生在一个美丽的鸟类王国之中，某日，反对派的叛变破坏了这里的宁静。主人公丑小鸭（苏倩芸 配音）的父母为了保护琉璃鸟而神秘失踪。为了解开琉璃鸟的秘密，找到自己的父母，丑小鸭和好朋友丑小八（王雪沁 配 艾文（贾斯汀·朗 Justin Long 配音）、喜多（杰西·麦卡尼 Jesse McCartney 配音）和塞门（马修·格雷·古柏勒 Matthew Gray Gubler 饰）是三只可爱的花栗鼠， 延续前一集的剧情，狮子亚历克斯（本·斯蒂勒BenStiller配音）、斑马马蒂（克里斯·洛克ChrisRock配音）、长颈鹿迈尔曼（大卫·休默DavidSchwimmer配音）、河马格洛里亚（贾达·萍克·史密斯JadaPinkettSmith配音）以及企鹅们，为了能离开马达加斯加岛回到五光十色的纽约，对一架破旧的失事飞机进行维修改造，并成功起飞。当大家已经开始庆祝终于可以回到纽约时，飞机却意外降落，迫降到了非洲大草原上。在这儿，狮子亚历克斯终于见到了它的父母。但是由于生活习性上太多不一样，而且言行举止各异 呱唧因为寻宝来到象龟岛，却遇到⼤海啸！为解救岛上的动物们，小纵队再次集结，启动限时营救任务！但海啸的脚步逐渐逼近，新的危机又悄然降临，重重危险下，小纵队们能否成功完成任务，解救被困的动物们？ 
