宇宙世纪0153年，这个时候地球联邦已经名存实亡，统治衰颓腐朽，宇宙殖民地纷纷脱离控制，地球圈成为诸多军阀逐鹿的场所；建立于Side 2的新兴国家赞斯卡尔帝国开始对地球的侵略，联邦军根本无法阻挡，只有 西曆2045年。以新超時空要塞7號艦為中心的第37次超長距離移民團--超時空要塞7--一邊和神秘的巴洛達軍多次交戰，一邊向銀河的中心航行！而在西曆2046年。在戰爭的一角，本篇故事開始了……由於巡邏中的一次意外而辭去軍職的女軍官瑪哈拉，退役當天因為意外事故死亡的部下之父對她懷恨在心，因而招來殺身之禍。在千鈞一髮之際救了她的人是個腳穿空中冰刀的少年御堂柴--一個綽號"黑色轟炸機"，粗野的T-CRUSH選手。相傳柴是以往曾經亟欲獲得天才飛行員名號，現在身為超 表面上，高岭清麿（樱井孝宏配音）是一个个性孤僻不爱上学的不良少年，但他其实是个拥有超高智商的天才少年。某日，一个外表奇特的男孩找到了清麿，男孩告诉清麿自己叫卡修（大谷育江配音），此行前来的目的是为了报恩。就这样，清麿收留了卡修，两人的同居生活正式开始。在卡修随身携带的红书里，隐藏了卡修失忆的线索，而清麿居然轻易的就读懂了上面古怪的文字，从而展开了一段魔幻奇缘。原来，在这个世界上，存在着很多像卡修这样带着魔法书的孩子们，在他们之间，以破坏其余的魔法书为目的，持续着一场浩荡的战争。而卡修和清麿，亦被卷入了这场 
