全人类被神奇的现象一瞬间石化后过了几千年——拥有超人般头脑、天生的科学少年·千空苏醒了。 在文明遭到毁灭的石头世界里，千空集结新伙伴的力量一起建立“科学王国”，最终目标是用科学的力量复原整个世界。但是，由灵长类最强的高中生狮子王司领导的“武装帝国”却步步为营。旨在净化人类的司试图通过使用强大的力量来阻止科学的发展。 科学 vs 武力的战斗经过激战，千空等人的科学王国占优势，之后两国终于和解。 由于同伴的谋反而处于冷休眠状态的司为了复活全人类，科学王国以石化光线的发生源、地球的背面·新世界作为目标！ 冲出世界解开石化之谜！石头世界大航海时代终于开幕——‼
以海贼王为目标的少年蒙奇·D·路飞，将索隆、娜美、乌索普、山治、乔巴、以及Nico·罗宾加入了新的伙伴，继续航行。这时，在他们身边，巨大的船从天空落下。路飞们避开掉落的船，得救了。在令人吃惊的他们的身边被风吹到的“星巴邦”的地图，那是对天空之地“空岛”的地图。但是，突然天空突然出现了一个巨人的影子。摸索到空岛的路飞们在杰亚遇到了海贼勃朗峰·克里特。板球是400年前成为绘本的“骗子诺兰”的不光彩的探险家的子孙。但是，板球的祖先诺兰不是说谎，而是真的去了空岛。作为证据，路飞们知道了在航海日志中描绘的冲击的事实。然后，路飞们知道，作为去空岛的唯一线索，必须要被细菌海流吞噬。穿过强烈的海流的目的地，是在云上岛上存在的神之国·斯基亚。在喜悦的草帽一伙中出现了空之骑士·福尔和天空的居民科尼斯。但是，那里是被称为全能神的艾尔支配的国家…。 《海贼王》空岛特别篇将在富士电视台播出。本次特别篇将重制《海贼王》经典之章《空岛篇》，并加入全新的原创内容，将空岛篇扩展到2个小时的长度，“雷神”艾尼路将再次登场。
