山海妖星?时空裂缝?如何阻止妖族入侵拯救沧元界?
在火星发现的神秘箱子――“潘多拉魔盒”打开的瞬间,巨大的墙壁突然出现!故事由此开始。被称为“天空之墙”的墙壁把日本列岛分割为三部分,并由此诞生了各自的首都「东都」「西都」「北都」。 其中在“东都”有被称为Smash的未确认生命体出现并暗中把人类逼入绝境。挡在Smash面前而出现的,是一位青年,其腰上戴着腰带、 手上握着不可思议的瓶子 。「变身!」―― 青年天才物理学者变身为假面骑士Build,阻挡在Smash的面前!
汉朝末年,董卓挟天子以令诸侯,战神吕布为其征讨,四方群雄并起。而大势决断,竟尽出一家之手,水镜门下八奇,谋冠天下。就在此时,一个神秘的刺客跟随他的商家主人悄然走进这个时代,牵出群英纷争,乱世无常……
故事以江户时代后期为舞台,最强死刑犯忍者「画眉丸」为了能再次与最爱的妻子见面,与处刑人「山田浅右卫门佐切」一同前往被称为极乐净土的小岛,找寻「不老不死的仙药」以换取无罪释放,并在岛上与神秘的怪物以及其他死刑犯互相残杀。