清朝末年,官吏贪腐,民不聊生,在浙江地方上,有一位蒙面侠士“铁猴子”,两年来劫富济贫,令卖官鬻爵的历任知府叫苦不迭。铁猴子在白天的身份是大夫杨天淳(于荣光 饰),杨大夫妙手仁心,深得乡邻爱戴。知府为抓捕铁猴子,不惜拷打众多不相干群众,路经此地的黄麒英(甄子丹 饰)、黄飞鸿父子不慎卷入其中,知府见黄麒英身手过人,扣押飞鸿要挟其捉拿铁猴子,黄麒英与铁猴子交手后惺惺相惜。不久朝廷钦差抵浙,听闻铁猴子“作乱”之举后施展大力金刚掌将其击伤,原来这钦差的真实身份是少林叛徒衍空(任世官 饰),身为少林弟子的黄麒英联合铁猴子,誓为少林清理门户。
杀人越货的罪犯连续神秘死亡,人们将替天行道惩治恶人的基拉奉为救世主,警方对之束手无策。专门解决奇诡事件的天才少年L推断,基拉有97%的可能性身在日本,于是他离开洛杉矶飞赴日本。临行之前,L心中浮起淡淡的预感——自己可能再也回不来了。
L与基拉——夜神月的展开了正面交锋。这时,泰国的一个小村庄被人从大地上抹去了痕迹。L并不知道有一桩足以毁灭世界的重大阴谋正在酝酿之中。
L以自己的生命为代价设下陷阱准备一举击溃夜神月,不料,多年的搭档渡意外身亡。L决定在自己最后的23天中解决渡所留下的任务。直升机送来了一箱给渡的礼物,里面竟是一个男孩——他是遭灭顶之灾的泰国小村的唯一幸存者。L从男孩随身携带的磁碟资料中得知,该事件与恐怖的杀人病毒有关。此时,少女真希带着父亲的遗物来找渡,她也是这场阴谋的受害者。追踪而来的杀手已然赶到,L带着两个孩子开始了逃亡。只剩6天了,L决定与阴谋者决一死战。