在浮世英寿成为守望世界的神明后过了一段时间，撕裂和平日常生活的一发枪弹与展露身影的变异种邪魔徒 这时候还没有人知道，这个邪魔徒的登场，是毁灭人类的元凶破坏神“God邪魔徒”诞生的前兆 然后在此出现的，是白发的英寿。他变身成绽放金色光辉的Geats，然后攻击Tycoon和Na-go等人。在一行人正困惑时，另一个英寿的身影出现了…… 另一边，贝萝芭出现在吾妻道长的面前。因贝萝芭之手而让他体内沉睡的邪魔徒之力觉醒，所出现的充满不详气息的Buffa究竟是……？ 「两个英寿」的存在所昭示的惊人事实是什么？ 在破坏神的诞生分秒必争的当下，假面骑士们能否守护得住这个世界，守护得住人类呢？！
那本来是一次寻常无奇的演习，谁知竟遭遇了前所未有的状况。某天，调查兵团104期学员奉命前往40公里外的目的地寻找目标，在交换任务记录后原路返回。稀松平常的旅行，一路炎热干燥，乏然无味。艾伦•耶格尔原打算加快步伐行进，却不得不听从大家的意见缓慢行军，期间还因为猎杀蜥蜴的问题和让发生争吵。与此同时，马可的另一队先行赶到目标地，却发现了盗贼活动的痕迹。夜幕降临，围在篝火旁的艾伦和让继续为了蜥蜴的事情争吵，当大家都进入睡眠中时，一伙蒙面之人却悄悄向他们逼近……
西宁少年陈长生身患奇症活不过二十岁，为寻改命之法，前往神都参加大朝试，却因与真凤徐有容的一纸婚约，遭受打压，被流放进废弃的国教学院。陈长生凭借三千道藏，开启修行逆袭之旅，青藤宴废天海牙儿，未央宫胜神国七律，更是与伙伴唐三十六、落落、轩辕破奋战大朝试，夺得首榜首名，却得知改命之法难如登天。陷入迷茫的陈长生，在天书陵见证一代传奇荀梅陨落，激励他继续前行，在周园与魔族的战斗中，遇见乔装而来的徐有容，二人一路生死相依，联手挫败魔族阴谋，彼此相爱，却因周园崩塌分离。
鸣人（竹内顺子 配音）、小樱（中村千绘 配音）、卡卡西（井上和彦 配音）和小李（増川洋一 配音）四人接到新的任务，他们要护送月之国王子月满回国。月之国位于三日月岛，该国超级富有，他们的王子月满则俨然一个纨绔子弟的形象。受父王之命，月满带着儿子小光及众多随从周游列国，沿途买了无数的东西。所谓树大招风，不少歹徒打起月之国一行的主意。作为清贫的忍者，他们无法理解富人的一些做法。不过随着旅途的积蓄，鸣人他们渐渐了触摸到月满父子的内心世界，彼此间成为很好的朋友。漫长的旅行仍在继续，更多的艰难险阻等在前方…… 本片为《火影忍者》第三部剧场版动画。
