在很久以前,某座山中蛇精和蝎子精为害人间,它们的恶行引起天神震怒。天神用雷电化成的葫芦把两个妖精收了进去。葫芦化作葫芦山镇守两只妖精,只要满一万年,它们就会被葫芦化去。然而天运使然,就在九千九百九十九年之际,一只穿山甲无意钻破葫芦山,放出两只妖精。穿山甲带着老爷爷找到葫芦种子,只要种出七颗葫芦,便可将妖精重新收伏。 重新获得自由的蛇精和蝎子精无所顾忌,大肆残害生命。它们偶然得知老爷爷种出神葫芦,于是接连派出爪牙企图斩草除根。接连遭遇挫折的妖精转而绑架老爷爷,各具异能葫芦七兄弟相继出世,他们打向葫芦山,与狡猾的妖精展开正邪大战……
由于委托很少,毛利侦探事务所门可罗雀,小兰不得不精打细算,小五郎也整日靠看自己上节目的录像打发时光。某日,小五郎收到一件神秘包裹,却对柯南和小兰隐瞒再三。正在这时,一通神秘电话打入事务所,柯南接听,却发现竟是一通搭错线的恐吓电话。小五郎对此全不上心,而柯南对此念念不忘。对方的声音与服部平次颇为相似,于是他请来服部一同调查。他们按照与事务所相近的电话号码逐一打去,终于发现一个姓岩爪的宝石商人和恐吓电话有关。他们赶到岩爪的公寓,得知警方已经先行到达,不久更知晓怪盗基德似乎也与此案有关。真相究竟如何?