世界著名的機械工學者葉山博士，連同大兒子譲治、次子竜治，為最年少的三弟健治舉辦生日會時，三人就在途中被達達星人捕捉了。 後來達達星人派遣機械人軍團侵略地球，此時由宇宙來了兩個機械人。他們就是移植了譲治及竜治所有性格記憶的天地雙龍。此兩個等於親生兄長的機械人，就開始為地球作戰了。
一天，工藤大器偶然听到了神秘声音的呼唤，与朋友们一起来到了数码世界，在那里认识了众多的数码兽同伴并且成为指挥官建立“Xros Heart”团队。意想不到的是，在数码世界中除了他们外竟然还有别的人类在数码世界中活跃着……然而，为了防止邪恶的巴古拉军企图称霸数码世界，他们将要努力地收集水晶（Code Crown）来保护各个领域（Zone），担负起拯救数码世界的命运。 被巴古拉兽击回到人类世界的工藤大器和高吼兽，经过东京大决战留在人类世界一天后，相对地数码世界已经过了好几个月的时间，并落入了巴古拉军支配下的地狱世界，分裂为七个国家（Land），由七名巴古拉军手下的死亡指挥官所统治，而这七名死亡指挥官就是本篇章的主要敌人。为了让数码世界再次得到和平，工藤大器和高吼兽决定再次回到危机四伏的数码世界中。此外，本篇章亦出现全新力量“超进化”。 与巴古拉兽的最终决战已经过去了一年，天野音音的弟弟-天野悠入读大器所读的中学，并与大器组成“Xros Heart”的篮球队，过着悠闲的生活，而队伍中还有一名尊敬著大器学长的成员-明石激。一天，明石激被卷入了“数码晶界”所发生的异变之中。
一块黑板前，小米和大米面对镜头，发誓要为所有遭受人类追杀和不公平待遇的老鼠同胞讨回一个公道。从他们的口中，我们得知老鼠是印度教之身格涅沙的坐骑，在罗马帝国的历史中黑白老鼠又分别代表着凶和吉两种征兆。1347年黑老鼠随撤退的十字军来到欧洲，其身上携带的跳蚤引发了灭亡欧洲1 /3人口的黑死病。此外还有命名来自中国栖身丹麦却被称作“挪威鼠”的棕鼠，棕鼠与黑鼠的战争、加拿大阿尔伯塔的灭鼠政策，老鼠的饮食结构，以及鼠类在太空实验和科学研究等方面做出的莫大贡献，无一不表明这种看似恶心肮脏的小动物和人类有着多么无法割舍的密切关系…… 本片荣获第35届动画安尼奖最佳短片奖，是《料理鼠王》的DVD附赠短片。
某个春日，安艺伦也在樱花飞舞的坡道上与少女·加藤惠命运般地邂逅，并想着要制作以她为第一女主角的同人游戏。他邀请美术部所属、以同人插画师的身份活动的泽村·斯宾塞·英梨梨，以及学年第一的优等生、身为轻小说作家活跃中的霞之丘诗羽，共同成立了blessing software。并终于发表了第一部作品——。 英梨梨和诗羽为了开发大作游戏《寰域编年纪》而前往人气创作者红坂朱音之处。blessing software的代表伦也继续社团活动，和副代表惠一起开始了新作的开发。他起用在做插画师的学妹·波岛出海，向身为制作人的出海之兄·伊织发出委托，和冰堂美智留及其乐队icy tail一同推进着新作的开发，然而……。 英梨梨和诗羽的大作会变得如何？伦也和惠的关系发生异变？blessing software的新作究竟会走向何方？ 围绕着不起眼女主角的青春涂鸦，迎来终幕。
海神岛的世子金自幼便遭受了极大的变故，导致他无法化神成鲲，更无法继承海神之位。然而当危难来临，他毅然踏上了解救海神岛之路，并且从中学会了责任与担当。
顶级武者步惊云与聂风，为了应对一场将要席卷整个人间的浩劫，在无名前辈和神秘天外来客的帮助下变成量子态后，下落不明。三千年后，一颗小行星撞击地球，地表成为一片荒蛮的废土。 被困在地下的人类，逐渐发现在人体内存在著名为"脉能"的超能力量。 来自32号地下城的孤儿步天云，意外唤醒了沉睡在陨铁之中的步惊云，从此发现了自己体内的“脉能”潜力，并与聂风传人聂子风一起，走上了成为“脉能武者”的历练之路，为守护世界而战。
