在火星发现的神秘箱子――“潘多拉魔盒”打开的瞬间,巨大的墙壁突然出现!故事由此开始。被称为“天空之墙”的墙壁把日本列岛分割为三部分,并由此诞生了各自的首都「东都」「西都」「北都」。 其中在“东都”有被称为Smash的未确认生命体出现并暗中把人类逼入绝境。挡在Smash面前而出现的,是一位青年,其腰上戴着腰带、 手上握着不可思议的瓶子 。「变身!」―― 青年天才物理学者变身为假面骑士Build,阻挡在Smash的面前!
心爱在木造房屋小镇度过的第二个夏天即将结束,季节即将变成各种盛大活动满载的秋季。不论是在学校还是在Rabbit House,都有很多开心的事情!心爱、智乃以及大家都难以抑制对未来的期待……!