将施奈德回老家之后，四只原本亲如兄弟的神龟由于没有了敌人，于是不再想以往一样一起战斗，而是各自在喜欢的领域内钻研，以往一起行动的忍者神龟们变成了四个独来独往的“独行侠”！ 这时，纽约市中发生一连窜的怪事。原来实业家马克西米林安•J•威特斯意图征服纽约市，秘密培养了一支远古怪兽组成的军队，加上恶名昭彰的忍者组织Foot Clan，各种黑暗势力又在城市的角落里蠢蠢欲动！ 神龟们又处于备战状态了！他们再次联合起来，准备向黑暗势力出击！
子俊（欧阳耀麟 饰）因为患有精神疾病而住进了精神病院，经过了一番治疗，他病愈出院了。然而，尽管他已经得到了治愈，却还是被打上了精神病人的烙印，在社会中处处受人欺负和歧视，在此过程中，只有母亲（黎少芳 饰）和一位善良的社工（卢希莱 饰）站在他的身后，做他最坚实的后盾。 离奇的事情发生了，那些曾经欺负过子俊的人，竟然一个接着一个的被杀死了，而每当凶杀案发生，第二天早上，子俊都会发现自己的双手沾满了鲜血。尽管对此没有任何的记忆，但子俊还是不禁开始怀疑，是不是自己在睡梦中双重人格障碍症病发，向那些欺负过自己的人寻仇。
苏诺（邱意浓 饰）出生时本是死婴，但因女娲补天遗落的五彩石而生。赤狐狸三九与申公豹（李楠 饰）大战后败逃因附身苏诺而得以保命。少女苏诺救下殷商少年太子子辛（代超 饰），因遭设计，与子辛由爱成恨，苏诺也为此献出了生命。多年后苏诺被女娲化为名叫苏妲己的美艳女子联手申公豹祸乱殷商……
