被杀了。果然又被杀了。追月朔也是一位半吊子的高中生侦探，有一个被称为“传说中的名侦探”的父亲。今天本应也该接受委托，然后兴致勃勃地去做一些找猫、或是调查外遇之类的平凡的工作，不知为何他却被杀人事件卷入。而且“被害者”居然是自己！？多亏特殊体质每次都能重生的朔也，用膝枕迎接他的则是优秀的助手莉莉提亚。「您又被杀了呢，侦探大人。」「......似乎是呢。」作为侦探，以及作为受害者，朔也如字面意思，搏命解决了无数的疑难案件。
在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……
三剑客成功拯救完水果世界后，由于在花果山大合唱庆祝胜利造成第七层的崩塌，直接伤害到七色彩莲。为求保住彩莲，东方求败被外人蛊惑利用，接受了人类世界的忍术和其他技术去抢救彩莲，但同时也成为了拐带水果们的帮凶。方丈与果姥上山探望东方求败，无意间看出当中端倪，东方求败有灭口之意。三剑客赶到之时，方丈与果姥为保存实力，不单一个装疯扮傻，一个诈死，还出狠招将三剑客打落悬崖，并且疯言疯语，让众人误会三剑客，促使三剑客再无立足之地，必须远走他乡，从而避开东方求败的迫害。 三剑客在小果叮的帮助下捡回一命，重拾斗志誓要查出真相。在小果叮的指示下，各人各尽所长，千方百计寻找莲珠。历经重重苦难，并的机甲在莲珠的洗礼下得到重生，三人不断提升自我，获得新的技能和必杀技，对方也得到力量加强和武器升级，尤其是加上神鬼莫测的忍术，三人多次陷入苦战。三剑客屡败屡战，在失败中成长，反败为胜。女特攻们同样自强不息，一样创出新的招数和技能必杀，来支援三剑客。众人在花果山汇合，迎来与东方求败的终极一战。几经艰辛终于获得胜利，但东方求败的失败并不意味事情结束。 果宝们几经艰辛，终于来到第七层。真正的幕后黑手是外来人类龟太公。单凭众人之力并不足以抗衡。这时，养精蓄锐的老特攻们及时出手，2代特攻通力合作与龟太公周旋。这正正便是方丈和果佬计划好的联合作战计划。在敌我实力悬殊下，众果宝特攻突破自我，进化成黄金7合体，与龟太公决一死战。
进入三月，第三学期也剩下一个月。麻衣的毕业典礼这一天终于来临。 “叔叔，你是谁？” 咲太在七里滨海岸等待麻衣时，酷似童星时代的麻衣的小学生出现在他面前？ 另一方面，花枫事件之后就分开住的咲太父亲来电…… “你妈妈说，她想见花枫一面。” 无法接受花枫发生的事件而长年住院的母亲传达“想见她一面”的心愿…… 家人的羁绊，新思春期症候群的征兆──
君主制国家威斯帕尼亚王国因发现奇妙的矿石而引起世界关注，然而此时却发生悲惨事件，该国女王萨克拉•阿尔蒂亚和王子吉尔•加乌尔突发意外身亡。公主米拉•朱丽叶拒绝继承王位，与此同时国内也掀起反对米拉合要求取消君主制的狂潮。在这种纷乱的情况下，米拉和奇斯伯爵出访日本。在公主的欢迎宴会上，米兰险遭暗算，无法忍受这一切的她偷偷逃了出去，却在日本街头遭遇与自己长相一样的小兰，渴望正常人生活的米拉于是和小兰互换了身份。倍感蹊跷的柯南偷偷展开调查，而另一方面，大盗鲁邦三世潜入威斯帕尼亚企图偷窃该国世代相传的钻石王冠。事态变得混乱起来…… 本片为日本电视台开播55周年和读卖电视台开播50周年共同纪念作品。
