在那次事故之后，我妻由乃（村田知沙 配音）恢复了平常的生活。炎炎夏日，她所在的学校组织了海滨夏令营，在碧海蓝天之下，由乃和日野日向（松冈由贵 配音）、野野坂真央（由加奈 配音）、高坂王子（白石稔 配音）等好友快乐玩耍，享受着青春瞬间。然而在她心底，似乎依稀隐藏着对天野雪辉（富樫美铃 配音）的些许记忆。那一闪而过的片段，搅扰她的心神，以致无论如何也要弄清那名男孩的下落和踪迹。借着这份执念，她穿越层层时空，渐渐靠近时空之神Deus（若本规夫 配音）的所在地。下一位神的人选悬而未决，由乃的介入将会令事态如何发展？ 本片根据えすのサカエ的原作改编，为该系列动画的OAD版。
初三学生住之江圭太（武内健 配音）是一个普通的少年，但是，从双胞胎姐妹住之江亚香（竹达彩奈 配音）和住之江理香（巽悠衣子 配音）介入他的命运开始，他将彻底的摆脱曾经平凡的生活。亚香擅长家务，是个容易害羞的女孩，优秀的成绩让她有了能够接近圭太的理由。理香和姐姐正好相反，有些笨手笨脚的她一沾酒精即醉，在体育方面却有着过人的实力。姐妹两人唯一的共同点，就是在表达感情方面意外的热情和大胆，常常令圭太不知所措。 一开始，姐妹两人的大胆举动常常让圭太感到头痛，但是，随着时间的流逝，理香和亚香的身上，都展现出了让圭太为之着迷的特质。同时，圭太正面临着一个严峻的问题，姐妹两人，他究竟该选择谁呢？
某天，阿笠博士通过灰原哀邀请少年侦探团的来他的研究所。当孩子们到达时，却得知阿笠博士被人绑架。原来，这只是博士跟大家做的小游戏，在第一关里，他提示少年侦探们需从三个不同的方向来某一地点与之会合。这样的考验对柯南来说自然不成问题，但对文太、步美和光彦三人来说却是一个大的挑战。经过柯南的提示，三人成功找到问题的关键，顺利抵达目的地，等待他们的则是博士的第二道问题。 另一方面，阿笠博士在设置游戏的过程中险些遭遇车祸，结果发现司机竟是绑匪，他也因此遭到劫持。绑架游戏弄假成真，少年侦探团最终能否成功救出博士呢？
