突然出现的“鬼兽”以压倒性的力量开始攻击人类，城市被摧毁，绝望笼罩着人们，在所有人都快要放弃的时候，有一个影子迎战鬼兽！“你们这些家伙，惹到我了！！”人类面前出现了一丝希望，那竟然是一只鸡！
上古时期妖兽纵横，一位神秘道人分别授予了阴阳五行的特殊能力给金木水火土五个家族来抵抗妖兽，他们将妖兽驱赶到神隐雾山之中，设立结界。 雾山之中另有被封印于巨阙神盾之中的具有强大灵力的麒麟兽，常常吸引来那些想要提升妖力突破结界的妖兽。火行使者闻人翊悬为救其母私自打开了巨阙神盾，小麒麟趁机偷溜出来，妖兽界将掀起一 股腥风血雨......
在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……
艾伦为了毁灭世界，发动了「地鸣」。无数的巨人开始进攻，摧毁一切。米卡莎、阿尔敏、让、康尼、汉吉、莱纳、安妮、皮克，以及身受重伤的利威尔……剩下的人们为了阻止艾伦，展开了最后的战斗。
一群老朋友又将开始一段新的旅程。当猛犸象曼尼（Manny）沉浸在马上要当爸爸的喜悦之时，剑齿虎迭戈（Diego）却为自己的逐渐衰老而黯然伤神，此时树懒希德（Sid）则发现了三枚恐龙蛋，居然“母爱”泛滥，想做这三只小霸王龙的妈妈，结果被小恐龙真正的妈妈霸王龙掳走。 为了寻 找同伴，一群可爱的动物朋友们走进了隐藏在冰河世纪之下的“侏罗纪公园”，在这片神奇的地方，他们会认识什么新朋友，又会遭遇到什么危险，这都让所有众多“冰粉”们充满期待。 这部电影作为20世纪福克斯公司（20th Century Fox）第一部3D形式大规模上映的动画片其制作成本达到1.2亿美元，几乎是《冰河世纪1》的两倍。
