在一个阳光明媚的日子里，草帽海贼团的伙伴们正在某个海滩悠闲度假。然而泊在岸边黄金梅利号就在他们鼻子底下被人偷走。一个礼拜后，他们仍旧灰溜溜地在海上漂泊。正在为难之时，路修等人遇见小毛贼博洛德和阿基斯。这二人正打算前往发条岛盗取名贵的钻石钟，而黄金梅利号很可能就是盘踞岛上的扑克牌海贼团所窃。不久他们遇见扑克牌海贼团的船队，然首次交手便告失利，娜美更被对方虏去。为了找回船和同伴，并得到钻石钟，草帽海贼团与盗贼兄弟燃气斗志，向发条岛挺进…… 本片根据日本漫画家尾田荣一郎的同名原著改编，是2001年上映的第二部动画剧场版，尾田同时担任作画监督。
为求仙药线索，一行人抵达统治岛屿的怪物"天仙"之居城。欲从岛屿生还，死囚与处刑人已不得不携手合作。与此同时，幕府以"山田浅卫门殊现"为首，下令增派人员登陆神仙乡。其中竟可见与画眉丸素有渊源的石隐众之身影。正当画眉丸等人欲尽快寻得仙药逃离孤岛之际，天仙们却拦住了他们的去路——围绕仙药的争夺，即将迎来"人类"与"天仙"的全面对决——！！
「听好了，康斯坦丝．葛莱尔。妳就算花费一生时间，也必须让我的复仇成功！」 只有诚实勉强算是优点的平凡子爵千金康妮，在某一次宴会上被抢走未婚夫，还被诬陷是窃盗犯，因而陷入走投无路的绝境。 就在这种情况下，10年前被处刑的绝代恶女史嘉蕾．卡斯提奥的亡灵出现在她眼前！过去曾经以其绝世美貌、高贵血统，以及压倒性的出众气质而被赞誉为社交界至宝的史嘉蕾，附身在康妮身上之后没两三下子就逆转局势，让康妮得以逃出险境。但是，康妮须要付出的代价，却是帮忙史嘉蕾复仇！？ 刚开始是因为利害一致而合作的两人，在不断击溃贵族社会各种暗中恶意和阴谋的过程中建立了情谊，成长为真正的搭档，最后踏上跟过去一直持续至今的巨大阴谋针锋相对的道路……！
五河士道（岛崎信长 配音）是一位平凡的高中生，一次偶然之中，他邂逅了名为十香（井上麻里奈 配音）的精灵。精灵是来自于异世界的物种，虽然有着足以迷惑人类的可爱外表，却亦拥有着能够毁灭世界的可怕能力。 然而，精灵有着一个十分巨大的弱点，那就是害怕被他人讨厌，因此只要同她们约会，就能轻易的击败这群强大的种族。而士道则恰恰拥有这一关系到人类命运的能力，于是，士道置自己的性命于危险之中，开始了和十香等精灵们的约会。与此同时，一群想要将精灵除之而后快的危险分子亦在暗中接近着士道，而精灵们的存在，使得一个关乎到世界存亡与否的秘密渐渐浮出水面。
