庾晚音穿书到了一本宫斗文，这本书的女主也是穿书进来的，庾晚音为了逆转自己的反派宿命，选择和暴君联手，不料暴君竟然也是穿书进来的。庾晚音希望三个现代人可以放下宫斗，坐在一起斗地主吃火锅。但女主认为自己才是天选之女，依然选择站在庾晚音对立面与男主端王战队，庾晚音不得不展开一系列行动，为了让自己能活下去并帮助大夏避免旱灾危机……
主人公是在学校没有立足之地，把自己关在家里的中学生·Kokoro，有一天，房间里的镜子突然发光了，Kokoro像被吸入了一样穿过镜子，发现前方有一座像城堡一样的不可思议的建筑物，里面聚集着和Kokoro有着相似遭遇的7个人。城堡里隐藏着秘密的钥匙，找到了那个钥匙的人，什么愿望都能实现。
初三学生住之江圭太（武内健 配音）是一个普通的少年，但是，从双胞胎姐妹住之江亚香（竹达彩奈 配音）和住之江理香（巽悠衣子 配音）介入他的命运开始，他将彻底的摆脱曾经平凡的生活。亚香擅长家务，是个容易害羞的女孩，优秀的成绩让她有了能够接近圭太的理由。理香和姐姐正好相反，有些笨手笨脚的她一沾酒精即醉，在体育方面却有着过人的实力。姐妹两人唯一的共同点，就是在表达感情方面意外的热情和大胆，常常令圭太不知所措。 一开始，姐妹两人的大胆举动常常让圭太感到头痛，但是，随着时间的流逝，理香和亚香的身上，都展现出了让圭太为之着迷的特质。同时，圭太正面临着一个严峻的问题，姐妹两人，他究竟该选择谁呢？
一天，工藤大器偶然听到了神秘声音的呼唤，与朋友们一起来到了数码世界，在那里认识了众多的数码兽同伴并且成为指挥官建立“Xros Heart”团队。意想不到的是，在数码世界中除了他们外竟然还有别的人类在数码世界中活跃着……然而，为了防止邪恶的巴古拉军企图称霸数码世界，他们将要努力地收集水晶（Code Crown）来保护各个领域（Zone），担负起拯救数码世界的命运。 被巴古拉兽击回到人类世界的工藤大器和高吼兽，经过东京大决战留在人类世界一天后，相对地数码世界已经过了好几个月的时间，并落入了巴古拉军支配下的地狱世界，分裂为七个国家（Land），由七名巴古拉军手下的死亡指挥官所统治，而这七名死亡指挥官就是本篇章的主要敌人。为了让数码世界再次得到和平，工藤大器和高吼兽决定再次回到危机四伏的数码世界中。此外，本篇章亦出现全新力量“超进化”。 与巴古拉兽的最终决战已经过去了一年，天野音音的弟弟-天野悠入读大器所读的中学，并与大器组成“Xros Heart”的篮球队，过着悠闲的生活，而队伍中还有一名尊敬著大器学长的成员-明石激。一天，明石激被卷入了“数码晶界”所发生的异变之中。
