全人类被神奇的现象一瞬间石化后过了几千年——拥有超人般头脑、天生的科学少年·千空苏醒了。 在文明遭到毁灭的石头世界里，千空集结新伙伴的力量一起建立“科学王国”，最终目标是用科学的力量复原整个世界。但是，由灵长类最强的高中生狮子王司领导的“武装帝国”却步步为营。旨在净化人类的司试图通过使用强大的力量来阻止科学的发展。 科学 vs 武力的战斗经过激战，千空等人的科学王国占优势，之后两国终于和解。 由于同伴的谋反而处于冷休眠状态的司为了复活全人类，科学王国以石化光线的发生源、地球的背面·新世界作为目标！ 冲出世界解开石化之谜！石头世界大航海时代终于开幕——‼
在浮世英寿成为守望世界的神明后过了一段时间，撕裂和平日常生活的一发枪弹与展露身影的变异种邪魔徒 这时候还没有人知道，这个邪魔徒的登场，是毁灭人类的元凶破坏神“God邪魔徒”诞生的前兆 然后在此出现的，是白发的英寿。他变身成绽放金色光辉的Geats，然后攻击Tycoon和Na-go等人。在一行人正困惑时，另一个英寿的身影出现了…… 另一边，贝萝芭出现在吾妻道长的面前。因贝萝芭之手而让他体内沉睡的邪魔徒之力觉醒，所出现的充满不详气息的Buffa究竟是……？ 「两个英寿」的存在所昭示的惊人事实是什么？ 在破坏神的诞生分秒必争的当下，假面骑士们能否守护得住这个世界，守护得住人类呢？！
三剑客成功拯救完水果世界后，由于在花果山大合唱庆祝胜利造成第七层的崩塌，直接伤害到七色彩莲。为求保住彩莲，东方求败被外人蛊惑利用，接受了人类世界的忍术和其他技术去抢救彩莲，但同时也成为了拐带水果们的帮凶。方丈与果姥上山探望东方求败，无意间看出当中端倪，东方求败有灭口之意。三剑客赶到之时，方丈与果姥为保存实力，不单一个装疯扮傻，一个诈死，还出狠招将三剑客打落悬崖，并且疯言疯语，让众人误会三剑客，促使三剑客再无立足之地，必须远走他乡，从而避开东方求败的迫害。 三剑客在小果叮的帮助下捡回一命，重拾斗志誓要查出真相。在小果叮的指示下，各人各尽所长，千方百计寻找莲珠。历经重重苦难，并的机甲在莲珠的洗礼下得到重生，三人不断提升自我，获得新的技能和必杀技，对方也得到力量加强和武器升级，尤其是加上神鬼莫测的忍术，三人多次陷入苦战。三剑客屡败屡战，在失败中成长，反败为胜。女特攻们同样自强不息，一样创出新的招数和技能必杀，来支援三剑客。众人在花果山汇合，迎来与东方求败的终极一战。几经艰辛终于获得胜利，但东方求败的失败并不意味事情结束。 果宝们几经艰辛，终于来到第七层。真正的幕后黑手是外来人类龟太公。单凭众人之力并不足以抗衡。这时，养精蓄锐的老特攻们及时出手，2代特攻通力合作与龟太公周旋。这正正便是方丈和果佬计划好的联合作战计划。在敌我实力悬殊下，众果宝特攻突破自我，进化成黄金7合体，与龟太公决一死战。
再び大海原に飛び出した 千空達の旅路をお楽しみに‼
在第一季成功实现梦想晋升为搞笑师的泰勒，将在本季正式开启搞笑师的职业旅程。当以惊吓为主要能源来源的对手公司前来挖角时，怪兽电力公司的同事们开始质疑泰勒的忠诚，泰勒必须找到他心中真正归属之处。
