主角大狼十三自小被组织捡养,并成为传说级杀手。某次任务中,他遭到神秘生物兵器刺中,竟意外变回中学生的模样,从此开始了国中生活……
1989年,日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年,DIO复活了。同时,乔瑟夫的孙子,空条承太郎发现自己有幽波纹(替身)能力,DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲,陷入病危情况;为了拯救命在旦夕的母亲,承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。