随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代—— 村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！ 慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？ 在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
在国王军与魔王军交战的数月后，身为国王的女儿兼国王军第三骑士团“骑士团团长”的公主沦为了魔王军的阶下囚！等待公主的是出人意料的重重拷问——！？史上最残酷的拷问时间正式拉开了序幕！
这是一个关于你自身的故事。你体内的故事——。 人的细胞数量，约为37兆2千亿个。 细胞们在名为身体的世界中，今天也精神满满、无休无眠地在工作着。 运送着氧气的红细胞，与细菌战斗的白细胞……！ 这里，有着细胞们不为人知的故事。
恶梦没有结束，绝望诱使毁灭，灾厄招来祸端——与“破坏者”扎格纳特塔塔开中，贝尔和琉坠入深渊。到达之处是所有冒险者都畏惧的迷宫深处——深层。两人伤痕累累，孤立无援，灾厄的威胁就在眼前。迷宫决死之行中，被五年前的悔恨折磨的琉回忆起来往昔的伙伴。另一边，贝尔消失的队伍前出现了双头龙——阿非斯·贝那。破坏的化身能喷射出毁灭一切的炎流。在失去希望和光明的迷宫中，冒险者们迎来的是终结还是……这是少年和妖精在死境中求生，充满残酷的“眷族故事”。
伫立于近未来大都市一角的忍者宅邸。 住在那里的忍者一族石动家的长女·律花，憧憬着身为研究人员的父亲。 她觉得平凡而幸福的生活会一直持续下去，但就在某一天，宅邸突然遭到某人的袭击。面对走投无路的危机，律花果敢地挺身而出，但——。 成为劈开黑暗的“黑”吧！
