在与戈鲁戈姆战斗后半年，本应取回的和平突然被怪魔界克萊西斯帝国打破。克萊西斯帝国的杰克将军想拉拢南光太郎作为部下，但光太郎不答应，于是杰克将军便将其变身机能破坏。 变身机能破坏的情况下，光太郎被扔往宇宙。在即将变为宇宙尘埃的时候，光太郎被神秘的太阳光线照射，其体内的帝王石亦产生了变化，光太郎也因此变成了新生的光之王子·“太阳之子”假面骑士BLACK RX，并展开了与克萊西斯帝国的战斗。
美月（桥本千波 配音）和夕哉（间岛淳司 配音）虽然身为兄妹，却并没有血缘关系，父母的重新结合让两人住到了同一屋檐下。个性有些傲娇的美月对夕哉这个突如其来的“哥哥”态度十分冷淡，但随着时间的推移，美月发现了夕哉善良的一面。 一位名叫寿日和（小仓唯 配音）的幽灵少女出现在了美月的身边，寿日和告诉美月，自己死于一场交通事故并且丧失了记忆，脑海中唯一能够记得的就是自己非常非常的喜欢夕哉。寿日和附身在了美月的身上，希望能够借助美月的身体帮助自己了却夙愿归天成佛，然而，对于被附身之后态度变得十分奇怪的美月，夕哉究竟抱有着怎样的感情呢？
故事发生在一个架空的世界之中，邪龙“达钢索德”的频繁现身令整个世界都陷入了危机，魔导士们挺身而出，想要将邪龙封印。锡洛（松冈祯丞 配音）的父母便是其中的两位，不幸的是，封印任务失败了，锡洛就此成为孤儿。这段悲惨的遭遇让锡洛更加坚定了继承双亲遗志的决心，在16岁那一年，他踏上旅途，目标只有一个，就是封印邪龙为父母报仇。 一路上，锡洛遇见了形形色色的伙伴们。身世成迷的单纯少女萨拉特（市道真央 配音）、身手矫健特立独行的盗贼艾琳（内田真礼 配音）、成熟稳重身体强壮的麒鲁（楠大典 配音），在这些伙伴们的帮助和支持之下，锡洛在不断的成长着。
