这是新时代骑士与人工智能的正面交锋。故事背景设定为迎来新时代的日本。引领人工智能潮流的公司——“飞电智能”,研发了一款AI机器人,并将其投入到实际运用中。它们完美融入了职场,把新时代朝着电子化的方向推进。但妄图灭绝人类的恐怖分子“灭亡迅雷站”黑了机器人的系统使之暴走。在这样的情况下,政府成立了专门针对AI犯罪的人工智能特务机关,来镇压暴走的AI机器人,维持治安。在一系列事件中,以成为搞笑艺人为目标的主角——飞电或人成了中心人物。在被炒鱿鱼的主人公面前出现了一辆无人驾驶的高档车,然后他突然间被告知,自己要继承飞电智能公司社长的宝座……
收复玉龙国、打败天地盟主之后,神兵小将们继续过着和平的生活。 可好景不长,黑暗的势力一刻都没有停止他们的野心,元始天魔把琉璃国的国王变成了黑暗的傀儡(玄天邪帝),并且开始了对玉岛国(玉龙国的姊妹国)进行了侵略。玉岛国元首玉燕的首席侍卫宗主的女儿灵剑双子奉命驾驶女娲星船到玉龙国接南宫逸去支援,没想到南宫逸不在家,反而把问天、问雅、小龙和天晶兽接了过来,玉龙国元首知道了这件事,马上用水晶球通知其他的神兵小将到玉岛国帮助问天,一场正邪大战又开始了......
原本期望能成为魔法少女的女主柊舞缇娜,某天突然遇到像吉祥物的生物,获得能变成邪恶组织女干部的能力,并与原本憧憬的魔法少女们对抗。