战国时代,琵琶湖附近的一个小山村里住着源十郎(森雅之饰)和妻子宫木(田中绢代饰),还有妹夫藤兵卫(小泽荣饰)、妹妹阿滨(水户光子)。他们以开小瓷窑、烧制瓷器为生,战乱中,源十郎想趁着战乱发一笔横财,而藤兵卫则想着成为一名武士,出人头地。 二人带着烧制好的上好瓷器离开家乡去市镇变卖,果然赚到一大笔钱,源十郎甚至碰上了一位美若天仙的贵族小姐若狭(京町子饰),雨云之欢,乐不思蜀。一天晚归的源十郎被一僧人告知是否遇见什么不干净的东西……。而藤兵卫也如愿以偿地成为了武士,撞大运碰上美事,好不威风,但他居然在寻欢之时遇见了妻子……,骇人的事实摆在了他们的面前。
南宋年间,通古县前任县令为了一己私利,利用“河神”为幌子暗中掳掠儿童,百姓惶惶不安,在其蛊惑下纷纷相信用孩童祭祀“河神”可以平息灾祸。宋慈受命来到通古,向百姓一再申明祭祀河神纯属无稽之谈,并保证一定会查出事情真相,他的到来使得老县令感觉到了威胁。在老县令的授意下,其党羽对宋慈阳奉阴违,并暗中施以压迫,企图神不知鬼不觉的将宋慈了结。在一波接一波的危险降临在宋慈身上时,孩童还在不断失踪,这使得老百姓对宋慈失去了信任,逼宋慈赶紧祭河神。宋慈顶着多方的压力,抽丝剥茧地调查,利用自己高超的法医学手段让尸体“开口说话”,逐渐锁定了真凶,并发现了背后的巨大阴谋。最终,宋慈不惜以性命相搏将真凶绳之以法。