很久以前,无人居住的山里建立有人类最新的研究中心 某日,研究用的main computer突然拥有自己的意识而暴走,人类费尽千辛万苦阻止了暴走,取回了和平……看起来是这样的 回到和平生活的人们,为了预防敌人再次暴走袭来,而准备了巨大萝卜,并选出战士们进行训练,某日,这一天终于来临了 站在袭来的敌人们面前的队伍,就是特命战队Go Buster!! 他们的战斗,现在开始!
为求仙药线索,一行人抵达统治岛屿的怪物"天仙"之居城。欲从岛屿生还,死囚与处刑人已不得不携手合作。与此同时,幕府以"山田浅卫门殊现"为首,下令增派人员登陆神仙乡。其中竟可见与画眉丸素有渊源的石隐众之身影。正当画眉丸等人欲尽快寻得仙药逃离孤岛之际,天仙们却拦住了他们的去路——围绕仙药的争夺,即将迎来"人类"与"天仙"的全面对决——!!