上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。 此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。
邹雨（刘亦菲 饰）是一名律师，事业有成的她却遭遇了婚姻的不幸，与此同时，她的妹妹邹月（孟佳 饰）亦因为陷入了同财团二公子林启正（宋承宪 饰）的苦恋之中而想不开企图自杀。愤怒的邹雨找到林启正想要替妹妹讨回公道，却发现妹妹不过是一厢情愿，林启正实则无辜。 一场意外让邹雨再度 遇见了林启正，随着时间的推移，邹雨的坚强和善良渐渐吸引了林启正，后者对其展开了热烈的追求。一直暗恋邹雨的同事高展旗（欧弟 饰）告诫邹雨远离林启正，而邹月对林启正的痴情和疯狂亦让邹雨对她心中火热的感情充满了不安和犹豫。种种波折之后，邹雨和林启正最终走到了一起，可就在此时，横空杀出的林启正的青梅竹马江心瑶（江语晨 饰）让两人的感情再度陷入了动荡之中。
孟加拉（陈百祥 饰）和罗拔（陈山河 饰）是公司里的新人，简天伟因为老板提拔自己的女儿简美芝（郭秀云 饰）为总经理而深感不满，于是请来了各路牛鬼蛇神将公司上下搅得一团糟。孟加拉暗恋着简美芝，而罗拔亦喜欢着女职员叶灵（邱淑贞 饰），两人为了爱人心甘情愿的留了下来。 公司主任请来了两位法师，教大家斩妖除魔之术以对付公司里的恶鬼，就这样，一行人开始了训练。为了整顿训练营内的风气，两位法师命令男女学员分开训练，如有过界则会变马变鸡。然而，血气方刚的年轻人们哪里能够自控？经过重重的努力，孟加拉等人终于打败了公司内的恶鬼，哪知道心有不甘的简天伟请来了法力更加高强的女妖助阵。
阿静是夜总会女公关，虽然每日迎来送往，但内心仍渴望遇上一个真心相向的意中人，最后，她遇上了一个杀手，并誓言完成手上工作后便带她离去，可惜天意弄人……
