从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」,被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。 在社会获得显著发展的背后,恐怖的怪物出现了。 吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
无极之渊大战后,破阵、浮丘等人被石化封印。山鬼谣独担重任,力挽狂澜。同时穹奇希望重铸神坠来解开封印,而破阵则希望重铸神坠以加强封印,辛垣、夜阳怀着不可告人的意图夺取记忆珠欲控制破阵等人。