影片聚焦杰克·萨利与奈蒂莉一家的命运起伏，在前作的情感余波之上，深刻描绘一个家族在战火中如何成长、并共同守护血脉相连的情感纽带的历程，从而将故事推向更具张力的全新维度。此外，潘多拉的全新领域也即将揭晓——观众将首次邂逅“风之商人”这个崇尚和平的全新游牧民族，他们乘坐独特的浮空生物飞船穿梭于各部落间，交易货物、传递信息。而更具颠覆性的是“灰烬族”的登场，这个以掠夺为生、性情凶猛的族群，与大地之母爱娃之间有着深刻的矛盾。他们的出现，将撕开潘多拉不为人知的黑暗传说。当弑亲之仇与部落恩怨交织，潘多拉的命运悬于一线——在这场跨文明的复仇之战中，人类与纳威族将如何抉择，才能真正守护各自的家园与未来？
诸国割据、战乱频生的五代十国。 后唐被后燕所灭，公主（李嘉欣）在柳若雄（李子雄）及赛小菁（杨丽菁）夫妇保护下逃亡，其父临终前，将一支藏有宝藏秘密的玉箫相交，公主找寻到宝藏便可复国。路上三人走散。公主误入夏侯谷，邂逅原是后晋太子的夏侯瑭（刘锡明），他正被姑姑（惠英红）所逼，苦练可以复国的独孤九剑，他的灭国仇敌正是公主。但因没有说破身份，两人反在后者的几番舍命相救生出真爱。柳若雄则被燕国师（刘洵）所擒，后者以利益作诱饵，令他生出叛逆之心。
游船遇风暴沉没，陆霆、女友陈清、李娜、陈清闺蜜马樱漂至荒岛。众人遭巨蟒袭击，得探险者遗物求生。马樱因妒生事，后联合落难驾驶员王强，王强却被巨蟒吞噬，马樱悔悟坦白。巨蟒擄走陈清，众人设伏，马樱与巨蟒同归于尽。数月后，陆霆、李娜乘直升机获救。
宁采臣（张国荣 饰）与燕赤霞（午马 饰）安葬好小倩的骨灰后，分道扬镳。宁采臣回到世间，正是奸臣当道，朝政混乱，民生困苦的时代。宁偶入一家黑店，险被残杀之际又被捕快误抓入狱，遇到名士诸葛卧龙（谷峰 饰），得其相救。逃出狱后路经一所荒寺，被年青鬼马道士知秋一叶（张学友 饰）缠上，误会不断。山庄中阴森恐布，隐藏着一只巨尸，然巨尸未现，却出现一伙白衣鬼魂。宁偶摘掉其中一女子面具，发现其竟与昔日恋人小倩（王祖贤 饰）一模一样……
深太空探测船发现一个潜在的可居住的星球后，派遣了生化人和人类组成的远征队，去调查星球资源，而其实，这是一颗全是异形的星球……
