高中生熏和奈奈从小就是青梅竹马,熏就连做梦都一直妄想着和奈奈做SM的事情。也许这就是命运的捉弄,某一天奈奈居然真穿上了(啪~~~)站在了熏得面前。多年来的梦想居然成了现实,致使熏的S魂正式觉醒。于是,两个人不可告人的秘密故事就这样展开了。
某天,阿笠博士通过灰原哀邀请少年侦探团的来他的研究所。当孩子们到达时,却得知阿笠博士被人绑架。原来,这只是博士跟大家做的小游戏,在第一关里,他提示少年侦探们需从三个不同的方向来某一地点与之会合。这样的考验对柯南来说自然不成问题,但对文太、步美和光彦三人来说却是一个大的挑战。经过柯南的提示,三人成功找到问题的关键,顺利抵达目的地,等待他们的则是博士的第二道问题。 另一方面,阿笠博士在设置游戏的过程中险些遭遇车祸,结果发现司机竟是绑匪,他也因此遭到劫持。绑架游戏弄假成真,少年侦探团最终能否成功救出博士呢?