本次公开的第二季动画标题为《我的妹妹哪有这么可爱。》，乍看之下似乎与第一季没什么区别，其实区别就在于最后的一个“。”句号。本次有意将第一季标题加上句号作为第二季的标题，不得不令人联想第二季是否意味着真正完结？
人类遭逢了名为“空间震”的新型灾害。震撼空间、将一切破坏殆尽的这一灾厄，是由于精灵自临界显现而发生的。为了阻止空间震，使人类免遭灾厄而必须采取的措施，是使用武力歼灭精灵，或者是——“与其约会，使其娇羞”！ 让精灵娇羞，再通过“亲吻”即可封印其力量——拥有这种能力的高中生·五河士道。为了人类的和平，也为了拯救精灵们——士道在和她们的“约会”中来回奔走。对士道敞开心扉的精灵·十香、四糸乃、琴里、耶俱矢、夕弦、美九，为歼灭精灵而行动的AST，企图利用精灵的DEM，尝试与精灵对话的拉塔托斯克，以及，需要令其娇羞的新精灵——将这一切全部卷入，新的战争约会开始了——
高三生高桥美咲（樱井孝宏 配音）被哥哥介绍来到了补习老师家，发现他居然是大名鼎鼎的小说家宇佐见秋彦（花田光 配音），外表华丽性格却恶劣有可怕的起床气，还会写些以哥哥为主角的耽美小说。美咲对秋彦的第一印象可谓糟糕透顶。但在补习之中，随着美咲对秋彦认识的加深，看到了秋彦对哥哥的痴心，爱操心烂好人的美咲渐渐对秋彦产生了感情…… 大学老师上条弘树（伊藤健太郎 配音）单恋着青梅竹马的伙伴秋彦，但最终宣告破裂。偶然机会下，遇到年下的男学生草间野分（神奈延年 配音），弘树答应做野分的家庭老师。二人在加深的交往中，逐步了解和相互吸引。但弘树能否忘记秋彦，投入到这段感情中呢？ 弘树的同事宫城庸（井上和彦 配音）和自己上司的女儿离婚了，却被从美国归来的前妻的弟弟强势告白。起先觉得麻烦的庸也在高槻忍（岸尾大辅 配音）不屈不挠的攻势下，被渐渐打动，一方面觉得这样为他拼命的忍很可爱，另一方面却仍纠结于自己的初恋。二人最终能否走在一起呢？
愛川素直の身代わりとして、目立たないように日常をやり過ごす『レプリカ』のナオ。 素直が行きたくないときは代わりに学校に行き、勉強や運動を頑張るのも、 すべてはオリジナルである素直を助けるため...... それなのに―― ある日、恋に落ちてしまう。 たったそれだけで、ナオの日常は鮮やかに変わってゆく。 制服デートも、内緒の約束も、キラキラ輝く二人だけの特別な時間。 今だけはどうかこのまま――そう願うほど、ナオは素直に言えないことが増えてゆく。 素直もまた、変わってゆくナオを感じ、焦りを抱くようになって...... 海沿いの街で繰り広げられる、甘くて、ちょっぴり不思議な青春ラブストーリー。
