三位小魔仙希雅、海昕和夏凡在化解了海萤堡的灾难后,回到人类世界-悦悠岛,成为了海洋保育馆的见习保育员。在保育馆的见习生活中,她们学习了解到各种海洋知识,并积极参与到救助海洋生物的行动中。 然而,一个自称“铁鹰战队”的神秘团队突然造访悦悠岛,利用各种高科技装备,四处捕捉各种海洋生物。这一切原来是精于制造各种机器的幻仲博士在幕后指使的,希雅、海昕、夏凡三人随即用魔仙力量与之展开一场保护海洋生物的战斗……
在与戈鲁戈姆战斗后半年,本应取回的和平突然被怪魔界克萊西斯帝国打破。克萊西斯帝国的杰克将军想拉拢南光太郎作为部下,但光太郎不答应,于是杰克将军便将其变身机能破坏。 变身机能破坏的情况下,光太郎被扔往宇宙。在即将变为宇宙尘埃的时候,光太郎被神秘的太阳光线照射,其体内的帝王石亦产生了变化,光太郎也因此变成了新生的光之王子·“太阳之子”假面骑士BLACK RX,并展开了与克萊西斯帝国的战斗。
当还是很和平的时候,世界突然出现了一个企图侵略地球的邪恶军团“黑暗十字军”,地球受到无尽的威胁。在这时,联合国组成了一支地球保卫联盟的军队。这支军队被分配到不同角落,其中一支就处于日本。“黑暗十字军”开始在日本不同地区破坏。 日本各地,黑暗十字军各自选出目标,杀害反对他们的人。当大家都被杀害,其中五人奇迹生还并发誓会复仇。他们穿上特别的电子战衣,使用着普通人没法使用的超能力。指挥官告诉他们,他们是秘密的战士·“秘密战队五连者”。具有很好的机会去对抗十字军。