故事发生在战国时代，普通人家出身的男孩猪名寺乱太郎祖辈曾是忍者，在父亲的劝说下，他离开家乡摄津，进入当时一流的忍者学园学习。在学校，他认识了与之同龄的新兵卫和雾丸。新兵卫是一个出身富商家庭的小胖子，为人迷迷糊糊，对吃尤为感兴趣；雾丸则是身世贫苦的孤儿，为人精明，贪财吝啬。这三个性格迥异却的小家伙成为好朋友，他们最大的共同点就是经常因为考试不及格受到处罚。当然，以校长大川平次涡正为首的老师们也都是性格古怪且鲜明的爆笑人物，乱太郎他们和周围的同学、老师一起上演了连番搞笑、有趣的精彩好戏…… 本片根据漫画家尼子騒兵衛原著《落第忍者乱太郎》改编，改编成动画时，因NHK电视台的禁忌而将“落第”二字去掉。
「Present1 夏 ここなの8/31」 8月31日。夏休みの最後に、大好きなお母さんとおでかけの約束をしていたここな。 ところが急な仕事が入ったお母さんはここなと一緒に出かけられなくなってしまい、ここなはひとりで飯能の街を散歩することにする。 その道すがら、ここなはふと、幼い頃にお母さんと一緒に過ごした日々を思い出して……。 「Present2 秋 ひなたの10/28」 「天覧山に、高尾山、三ツ峠！」これまで登ったいろいろな山と、おもいでが詰まった写真を見ていたあおいとひなた。 ふと、あおいの部屋にあった宝箱を開けてしまったひなたは、手作りで不格好のアクセサリーを見つける。 それをきっかけにひなたは、あおいと一緒に過ごした、幼いある日のことに思いを馳せる――。
