故事发生在2017年的地球，飞鸟信（鹤野刚士 饰）的父亲飞鸟一马是一名宇航员，在一次任务之中下落不明，长大后的信继承了父亲对正义的追求，成为了地球和平联合组织的一员，在学习和训练之中展现出了过人的实力，甚至打败了王牌飞行员由美村良（齐藤理沙 饰）。 在由美的推荐下，信成为了SUPER GUTS中的一员，肩负起了对抗外星人保卫地球的重任。斯菲亚和岩石合体成为了拥有强大破坏力的怪兽，信和队友们和它展开了激烈的斗争，然而双方实力悬殊绝大，信陷入了岌岌可危的境地，在这千钧一发之际，信变身成为了光之巨人，战斗力陡增，瞬间结果了敌人。之后，信便以光之巨人的身份走上了伸张正义之路。
800年前的王复活了，他带领贪欲者们在世界各地大肆破坏。火野映司为了保护人类，变身成假面骑士欧兹和王进行了激烈的战斗。然而，他为了保护一名小女孩，被王所伤，在最后一刻，他许下了愿望，希望他的好伙伴安库能复活。 成功复活的安库处在一头雾水中，他找到了比奈等人，并和比奈一起找到了映司。然而在他们面前的并不是真正的火野映司，而是新的贪欲者豪达，他附身在了映司的身上。豪达提出要求，希望能和安库联手一起去打败古代欧兹。 在众人的努力下，800年前的王终于被打倒了，但一切并没有结束。想要获得强大力量的豪达吞噬了所有的核心硬币，并准备对付安库等人。安库附身到了映司身上，他们一起变身成假面骑士打败了豪达，世界因此恢复了平静。
女高中生三好蓝美一心推着平凡不起眼、不知道在想什么的同班同学雾尾君。在看不见雾尾君的脸的演出中，蓝美和既是朋友又是情敌的染谷波说“怎么办？如果雾尾君放屁的声音很响的话”、“啊？太高兴了吧”这样的对话，描绘了因他的事一喜一忧的样子。
完美的我为什么…会对什么老土男兴奋啊…！？放荡自恋男×脱下衣服很煽情的邋遢男，倔强的 BL 开幕！──梶虽然表面工夫既好又是人气王，私底下却会帮他人打分数、看不起别人。他不断追求理想，寻找有没有配得上自己的最佳完美 0 号。一日，他不得不和不起眼的同事・深见一起外宿出差。唯有这家伙，就算我们单独 2 人到了无人岛上，我也不可能会和他做──他原本是这么想的，但是刚洗完澡深见却可爱又…性感到，让他怀疑自己看错！？顺势被拥抱的身体别说是 0 分了，根本是 100 分满分…！
柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。 柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题
作为系列最终章的本次剧场版，将描绘挑战世界的遥等人。主角一行人所前往的新舞台，是过去曾经造访过的雪梨。在展开旅途之前的休息期间，遥偶然遇上了与曾在日本选拔大会中对战的选手，并展现了自己的斗志。而在雪梨的大赛中，来自各方的选手们将展开激烈的竞争。
