一半是人,一半是猩猩的新英雄!猩猩人和恐怖分子展開激烈衝突!!恐怖組織「動物解放同盟(ALA)」攻擊生物科學研究所時,救了懷孕的黑猩猩,這隻黑猩猩產下了半人半猩猩的「猩猩人」查理。15年後,查理在人類雙親的扶養下,進入高中就讀,認識了人類女孩露西。另一方面,ALA的所作所為越來越激烈,甚至計畫要查理加入他們!
《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历,人类正式开始进出宇宙2世纪,但因为2次大型陨石的坠下,人们的生活还是维持在21世纪初。到了新西历179年,第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落于南太平洋的マーケサズ群岛海面。地球连邦政府经过调查,发现是由人类未知的技术制造的物体,这种地球以外的技术被称为EOT(Extra over technology)。地球连邦政府组成了“EOT特别审议会”和“EOTI机关”进行调查。然后EOTI机关的代表比安博士发表了研究结果,表示地球有被宇宙以外的生命体侵略的危机。从此,人型机动兵器:Personal Trooper的研究开始了。
解开封印的绝世王者古玄尘,终于踏上了修行之途,在不断修炼变强的途中,他也了解到自己真正的身世,面对残酷的真相,古玄尘并不怨天尤人,他只愿以手中剑破除世间一切不公不义!他来到更广阔的世界,面对更强的敌人,演绎更辉煌的热血传奇!
千年前,神将飞蓬与魔尊重楼于新仙界中大战,神剑“照胆”跌落人间,飞蓬被贬下凡。千年后,蜀山锁妖塔震荡,获得魔剑的飞蓬转世——景天,与唐雪见、徐长卿及紫萱几人开始了一场为收集五灵珠封印锁妖塔的冒险。
本来只存于游戏世界的妖魔突然在现实世界降临,资深玩家顾青山与最终 boss 同归于尽后,穿越回到末日尚未开始之时,利用战神系统与各种末日灾难、妖魔、邪恶势力展开激烈战斗的故事