林动为了从百朝大战中脱颖而出,带着同伴小貂、小炎深入危机四伏的远古密藏寻找机缘。经历重重艰险后,他击败了宿敌林琅天,在四宗殿的青龙殿获得殿主的武学传承,还获得生死转轮丹,帮助小貂重塑了身体。此后,林动又通过挑战超级王朝参赛者以提升自己积分排名的方式,成功获得了百朝大战冠军之战的参赛资格,并在万众瞩目中再次将林琅天彻底打败。然而,心存不甘的林琅天却与潜伏在百朝大战战场上的西玄域奸细勾结,启动封天阵图要夺走百朝大战所在的远古战场,并将林动等人置于死地。最终,林动带领众多参赛者,齐心协力破解西玄域阴谋,捍卫东玄域利益。林动因此成为百朝大战冠军,并加入超级宗门中的道宗。
千年前,神将飞蓬与魔尊重楼于新仙界中大战,神剑“照胆”跌落人间,飞蓬被贬下凡。千年后,蜀山锁妖塔震荡,获得魔剑的飞蓬转世——景天,与唐雪见、徐长卿及紫萱几人开始了一场为收集五灵珠封印锁妖塔的冒险。
不久的未来,人类的世界早已拥挤不堪,迈向星河、寻找新家园的行动迫在眉捷。正当一切有条不紊的推进之时,月相异动,脚下的大地爆发了长达数十年、剧烈的地质变化,人类在这场浩劫中所剩无几。当天地逐渐恢复平静,人们从废墟和深渊中重新踏上了这片熟悉而又陌生的大地。习惯了主宰一切的我们是否还是这个世界的主人?
《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历,人类正式开始进出宇宙2世纪,但因为2次大型陨石的坠下,人们的生活还是维持在21世纪初。到了新西历179年,第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落于南太平洋的マーケサズ群岛海面。地球连邦政府经过调查,发现是由人类未知的技术制造的物体,这种地球以外的技术被称为EOT(Extra over technology)。地球连邦政府组成了“EOT特别审议会”和“EOTI机关”进行调查。然后EOTI机关的代表比安博士发表了研究结果,表示地球有被宇宙以外的生命体侵略的危机。从此,人型机动兵器:Personal Trooper的研究开始了。