在某个城市中存在着不为人知的被称为Amazon的吞噬人类的异形的存在。它们的数量,竟达到4000只。制造出这个怪物的元凶正是野座间制药公司!命令名下的野座间Peston Service驱除班秘密处理“Amazon”。 就是在这种情况下,在清洁干净的房屋中一步也不出去的平稳生活着的青年水泽悠和只靠野生的直觉和战斗力的像野兽一样的活着的男人鹰山仁相识,慢慢懂得了在“Amazons”的激烈的生存斗争中生存下去的故事。
曾经蓝地星最耀眼的第一宗门星辰宗,意外得到了万界至宝“星辰图”,引来了万界之主的窥视,万界之主为了得到星辰图,诱导星辰宗内的高层前往圣星域,并将他们囚禁在“圣星域”当中。星辰宗只剩下了一个护宗长老诸葛浩瀚以及年少宗主楚星河和几个名年少弟子,因实力不足受到了其他宗门压制,被鹰帮的人夺走了宗门之地,少宗主楚星河为了重新夺回曾经的荣耀,寻找被囚禁的父亲和星辰宗的高层,带领门下几位弟子,连闯十二座星界,打败万界之主的手下十二尊星魂强者,最终也从万界之主救回其父亲和星辰宗所有人。
由于委托很少,毛利侦探事务所门可罗雀,小兰不得不精打细算,小五郎也整日靠看自己上节目的录像打发时光。某日,小五郎收到一件神秘包裹,却对柯南和小兰隐瞒再三。正在这时,一通神秘电话打入事务所,柯南接听,却发现竟是一通搭错线的恐吓电话。小五郎对此全不上心,而柯南对此念念不忘。对方的声音与服部平次颇为相似,于是他请来服部一同调查。他们按照与事务所相近的电话号码逐一打去,终于发现一个姓岩爪的宝石商人和恐吓电话有关。他们赶到岩爪的公寓,得知警方已经先行到达,不久更知晓怪盗基德似乎也与此案有关。真相究竟如何?